一、根據營養物質的成分分類：
1. 天然培養基：培養基利用天然有機物配制而成。材料來源廣，成本低，制作簡單，但成分不穩定，不宜用作精確的科研。在生產栽培廣泛使用。如馬鈴茨培養基、豆芽汁培養基、麥粒培養基、草糞培養基等。
2. 半合成培養基：在天然培養基中添加無機鹽或在合成培養基中添加少量有機物。這類培養基是根據不同菌類菌絲生長的需要而改良的，有利于促進菌絲生長。如馬鈴茨培養基增加硫酸鎂0.5克，磷酸二氫鉀0.6克，維生素B15毫克時草菇菌絲生長特別旺盛。
3. 合成培養基：培養基成分明確、穩定。適合試驗、母種分離、菌種貯藏使用。如：蛋白胨2克，葡萄糖20克，磷酸二氫鉀0.46克，磷酸氫二鉀1克，硫酸鎂0.5克，瓊脂20克，水1000毫升。適合各種菇類菌絲生長及保種。
二、根據培養基的狀態分類：
（一）液體培養基：這類培養基不加凝固劑，不保留固態物，多用化合物或固態物的煮汁制成。在這種培養基中，菌絲生長快速，而且可以根據培養菌絲體的需要中途補充養分及調節酸堿度，最適合工業發酵用。如葡萄糖20克，氯化鈣0.1克，蛋白胨2克，維生素B10.1克，磷酸二氫鉀0.5克，硫酸鎂0.5克，水1000毫升。適合側耳的菌絲培養。
（二）固體培養基：培養基加入凝固劑或固態物質制成的培養基，有較穩定的形態。
（1）瓊脂培養基：1. 斜面培養基。這種培養基可以增大菌絲的擴展面，可以觀察菌絲體的生長狀態。但由于培養基淺薄，易失水，故保存菌種的時間不長。2. 直管瓊脂培養基。這種培養基不擺斜面，基質深厚，保持養分、保水性好，適合菌種保藏使用。
（2）草料、麥粒、棉子殼、木屑、甘蔗渣等固形物配制的培養基。
（3）種木培養基。把樹木或木材制成1.2―1.5厘米長，1.5―2厘米粗的木段，或圓柱狀、或鍥狀、或圓餅狀拌入木屑、麩皮制成。接種時取木段種接入段木或袋料中。
