食用菌的菌種是用人工的方法純培養而得到的。根據生產的需要制備不同的菌種，菌種必須在無菌條件下進行分離、轉接、培養、保藏，才能保證質量。要求設立實驗室、配料室、滅菌室、無菌室、培養室及配備相應的儀器、藥物。
一、實驗室：工作臺、藥物架、斜面架、顯微鏡、載玻片、蓋玻片、恒溫箱、恒溫恒濕箱、冰箱、高低溫度計、自記溫度計、洗手池、水、電、乳酸石碳酸液等。
二、配料室：藥劑架、天平分別100克、500克、2000克、三角瓶分別50、100、200、500毫升、量筒分別10、100、500、1000毫升、燒杯分別100、500、1000毫升、培養皿是9—10厘米的、試管是17.0×1.8厘米、分液漏斗、搪瓷盆是30×40厘米、鋁鍋、電爐、菌種瓶是750毫升、棉花用普通或脫脂、試管架、聚丙烯塑料袋（10×38、16.5×38、9×18厘米）、酸度計、廣泛pH試紙、5%鹽酸液、10%氫氧化鈉、玻棒等物及水、電。
三、滅菌室：手提式高壓蒸汽滅菌鍋1.5公斤/平方厘米壓力或攝氏140度，3000、7000升的高壓蒸汽滅菌鍋，水、電等。
四、無菌室：接種箱或超靜工作臺、酒精燈、接種環、接種針、接種鉤、接種鏟、解剖刀、鑷子、高錳酸鉀、次氯酸鈉、甲醛、苯酚、新潔而滅、紫光燈及水、電。
五、培養室：抽風機、電爐、冷暖風機、紫光燈、孢子收集器或口徑30厘米的玻璃漏斗。
制作菌種常用物品有：蛋白胨、酵母膏、維生素B1、硫酸鎂、硝酸鈣、碳酸鈣、磷酸二氫鉀、磷酸氫二鉀、葡萄糖、蔗糖、麥芽糖、馬鈴薯、玉米粉、麥粒、麩皮、米糠、稻草碎、闊葉樹木屑、闊葉樹木條（0.8×1.2厘米）、瓊脂等。
