在正常情況下，草菇播種后12小時左右，可見草菇菌絲萌發并向料內生長。如播種24小時后，仍不見菌絲萌發或不向料內生長，或栽培過程中出現菌絲萎縮，其主要原因有：
①栽培菌種的菌齡過長
草菇菌絲生長快，衰老也快，如果播種后菌絲不萌發，菌種塊菌絲萎縮，往往是菌齡過長或過低的溫度條件下存放的緣故。選用菌齡適當的菌種，一般選用栽培種的菌絲發到瓶底－周左右進行播種為最好。
②培養料溫度過高
如培養料鋪得過厚，床溫就會自發升高，如培養料內溫度超過45℃，就會致使菌絲萎縮或死亡。
播種后，要密切注意室內溫度及料溫，如溫度過高時，應及時采取措施降溫，如加強室內通風，拿掉料面復蓋的塑料薄膜，空間噴霧，料內撬松，地面倒水等。
③培養料含水量過高
播種時，培養料含水量過高，超過75％，這樣料內不透氣，播種后塑料薄膜覆蓋得過嚴且長時間不掀，加上菇房通風不好，使草菇菌絲因缺氧室息而萎縮。
④料內氨氣危害
在培養料內添加尿素過多，加上播種后覆蓋塑料薄膜，料內氨氣揮發不出去，對草菇菌絲造成危害。
