當前期產生的白色菌霜自動褪去或變少，臨近天氣預報顯示氣溫處穩定回升狀態且棚內地溫能夠穩定在6℃以上時，澆一次大水，充分澆透土壤。環境調控方面，控制棚內的氣溫在5-25℃，使地溫在6℃以上，空氣濕度保持在75%-90%，白天給予一定散射光照射（500-800 勒），時長5-8小時。3-5天后，如土表有1毫米左右、晶瑩剔透、像白色針尖大小的原基形成，即完成催菇環節。

原基形成后，即轉入幼菇保育階段，適合原基生長發育的環境條件為：溫度10-22℃，18℃為最佳；空氣相對濕度85%-95%，土壤含水量50%-60%；通風，空氣流動20-40厘米/分鐘。羊肚菌的幼菇十分嬌嫩，直到生長發育到3厘米的小菇階段，都需要盡量保持生長發育環境的穩定。此時，先用弓子及時支起地膜，使地膜離地至少0.8米。當小菇長至3厘米以上后，逐步揭開小拱棚上的地膜。通過棉被的收放將棚正中位置、離地1米的氣溫控制在5-25℃；通過向過道或空中以微噴方式，將空氣濕度保持在75%-90%；白天給予一定的散射光照射（800 勒左右）；白天溫度高時進行小通風（通風以通頂風為要，不能通底風），每天2-3次，每次10-20分鐘。隨著幼菇的長大逐漸加大通風的頻次和時長。

當羊肚菌子囊果長至10-15厘米，顏色變成黑褐色，菌帽的凹坑較為明顯時，即可采收。采收時用手捏住羊肚菌根部，用刀沿地表切下即可。再用刀片刮掉子囊果柄基部的泥土后，放在固定容器中，然后直接保鮮銷售或及時烘干存放。

出菇過程中注意通風，避免棚內出現高溫高濕，可有效防止子實體畸形、死菇等生理性病害和預防擬青霉、鐮刀菌等侵染性病害。日光溫室內潮濕的環境易發生菇蚊、菇蠅、蛞蝓、跳蟲等害蟲，采取“預防為主，綜合防治”的方針可有效控制蟲害發生。