畸形菇是平菇生產中較為常見的生理性病害，嚴重影響平菇的產量和質量，甚至完全喪失商品價值。這種病害主要是管理不當造成的，少數是由菌種退化、變異、病毒感染所致。畸形菇主要類型有：
      1、高腳菇。菌蓋小，分化較差，菇柄較長。發生的原因是原基形成及分化期菇房缺氧、光照不足、溫度偏高，影響了菌蓋的正常分化和發育。防控方法：加強通風，調節光照和溫度。
      2、瘤蓋菇。菌蓋表現主要是邊緣有許多顆粒狀突起，色淺、菇蓋僵硬、生長遲緩，嚴重時菇蓋分化較差，形狀不規則。發生原因是菇體發育時溫度過低，持續時間較長，致使內外層細胞生長失調。防控方法：調節菇房溫度在平菇生長最低溫界限以上，并有一定溫差，促進菇體生長、發育、分化。
      3、菜花菇。菇形像菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化，后期有多分枝。發生原因是出菇前或出菇期間菇床或菇房噴灑了高濃度的農藥，幼菇極敏感最易引起這種病害。也可能是菇房含有其他有害氣體。防控方法：菇房慎用農藥，使用時濃度不可過高。尤其出菇期絕對不允許使用敵敵畏，加強通風換氣、排出有害氣體。
      4、珊瑚菇。原基分化不正常、松散，形狀像珊瑚。發生原因是原基發生時，嚴重通風不良，光照極弱，氮源欠缺。防控方法：加強通風和光照調節碳氮比例，添加氮源。