香菇是營養價值很高，又極其美味的食物，但是香菇的存放時間不宜太久，要注意正確的保存方法，保存得不好會導致相互里面的營養價值流失掉，甚至會影響到其中的口感，一般香菇只要曬干后保證里面沒有水分，不生蟲子是可以保存很久的，但是不可以反復冷凍，反復的冷凍會破壞掉里面的營養成分。
避光貯存法 必須避免在強光下貯存香菇，同時也要避免用透光材料包裝。
密封貯存法 可用鐵罐、陶瓷缸等可密封的容器裝貯香菇，容器應內襯食品袋。要盡量少開容器口，有條件的可用抽氧充氮袋裝貯。
香菇存放時應確保密封，不要空氣接觸以免軟化，避開高溫及日曬處，放在陰涼的地方，用較厚的塑膠袋小包裝存放。 受潮再烘干或日曬保存香氣及口感。生鮮未烘干之香菇避免沾水，可延長保存期限。將生鮮香菇放入冰箱之冷凍庫存放，亦可延長保存期，使用前解凍即可，但不可反復冷凍。
香菇必須在低溫通風處貯存，有條件的可把裝香菇的容器密封后置于冰箱或冷庫中貯存。
香菇含水量高時容易氧化變質，發生霉變。因此，貯存容器內必須放入適量的塊狀石灰或干木炭等吸濕劑，以防反潮。
新鮮香菇可用透氣膜包裝后，置于冰箱冷藏，可保鮮一星期左右，或直接冷凍保存。干香菇則應放在密封罐中保存，并最好每個月取出，放置陽光下曝曬一次，可保存半年以上；亦可直接冷藏、冷凍保存，以避免腐敗或生蟲。
香菇宜放在內襯有防潮紙的鐵聽或壇、罐內，密封貯存；也可用防潮紙包裹后裝進能蓋嚴的大口瓶內，隔絕空氣，置于陰涼干燥處，便可經久不變風味。
