食用菌在栽培過程中對環境因子的變化較為敏感，常因不良的物理、化學因素刺激出現各種異常癥狀，導致產量和品質的降低。
　　一、菌絲徒長：環境條件有利于菌絲生長而不能滿足生殖生長要求時，菌絲體遲遲不結子實體，濃密的菌絲成團結塊，出菇遲或不出菇，嚴重影響產量。
　　1、菌絲徒長的原因：
　　⑴ 在母種分離過程中，氣生菌絲挑的過多，并接種在含水量過高的原種或栽培種瓶內，菌絲生長過濃密。用這種菌絲栽培時，易發生菌絲徒長現象。
　　⑵ 管理不當。菇房通風少，培養料表面濕度大，不適于子實體的形成。
　　⑶ 菌絲愈后階段，當表面菌絲已發白并有黃色水珠產生時如不及時換氣降溫，料面上會形成白色濃厚的菌被。
　　蘑食用菌生產過程中的主要雜菌及防治。
　　1、胡桃肉狀菌：是蘑菇覆土上長的雜菌，培養料發酸、發黑、1發粘、不長菇，具有較濃漂白粉味道。主要是由于菇房和培養料不透氣，而后遇高溫、高濕而爆發，或是培養料堆制過熟、糞肥過多、含N偏高。防治胡桃肉狀菌的方法主要應加強菇房通風透氣，對覆土材料嚴格消毒，培養料堆制采用二次發酵。
　　2、蘑菇粉孢霉：發生在蘑菇栽培中、后期覆土層中，初期菌絲短而細，菌絲旺盛，似棉絮狀，后期菌絲萎縮，呈灰白色，最后產生橘紅色的菌絲，致使出菇稀少或不出菇。防治方法可采用0.1％甲基托布津噴灑，往返三遍，5天后可再用800倍多菌靈液再噴一次。
　　3、石膏霉(白色石膏霉和褐色石膏霉)：感染石膏霉后，培養料發黑，產生惡臭，菌絲受抑制，一旦發生會使蘑菇產生絕收。主要原因是在建堆時加入了過多的石膏或石灰，發酵不良引起，可采用過磷酸鈣溶液噴酒，降低PH值，也可用500倍多菌靈或1:7醋酸或5％石炭酸溶液噴霧，控制其發展，不影響出菇。
　　4、鬼傘：培養料不新鮮，高溫、高濕、培養料中存有游離氨、糞肥未轉化，鬼傘便會大量發生。防治：培養料使用前在烈熱下爆曬1-2天，用l％-2％的石灰水浸泡，同時增加接種量，鬼傘發生時應及時摘除鬼傘，并可采用明礬水中和培養料中的氨。
　　2、防治方法
　　⑴ 移接母種時，挑選半基內半氣生菌絲混合接種。
　　⑵ 加強菇房通風換氣，降低CO2濃度及空氣濕度。
　　⑶ 降低培養濕度及料面濕度，以抑制菌絲生長，促進子實體形成。
　　⑷ 若菇床已形成菌被，應及時用刀破壞徒長菌絲，噴重水加大通風量。
　　二、畸形菇
　　在子實體形成期遇不良環境條件，子實體易出現蓋小柄長、菌蓋鋸缺、子實體不開傘等畸形，導致質量降低。
　　1、造成子實體畸形的原因
　　⑴ 菇房內光線不足或CO2濃度過高，會造成食用菌蓋小、柄長。
　　⑵ 土粒過大，土質過硬、出菇部位過低、機械損傷等，易造成畸形菇產生。
　　⑶ 出菇期由于藥害或物理化學誘變劑的作用，導致菌褶退化，菌蓋鋸缺等。
　　2、防治方法
　　⑴ 合理安排栽種時期，避開高溫季節下出菇。
　　⑵ 調節適宜溫度，適量噴水，以免出菇過密。
　　⑶ 慎用農藥，注意農藥種類、次數、時間和用藥量，以防殺藥菇蕾。