在食用菌的生長發育過程中，由于不當的栽培管理技術和不適宜的環境條件或遺傳變異等原因，引起食用菌生長發育的生理性障礙，產生異常，甚至死亡，這種現象都列入生理病害。　　
　　一、菌絲徒長
　　此現象在香菇、平菇栽培中均有發生。徒長的菌絲，在覆土表面或培養料面生長過旺，形成一層致密的不透水的菌被，造成出菇延遲或出菇稀少，大量減產。　　
　　發生原因：　　
　　1、管理原因。在平菇、香菇栽培中，不注意通風，覆蓋的塑料薄膜未掀開通風換氣，二氧化碳積累太多；香菇培養料表面濕度過大；平菇培養料干燥等，這些不良的環境條件都適于菌絲的生長，不利于形成子實體。從而造成徒長。　　
　　2、菌種原因。母體分離時，氣生菌絲挑的過多，常使原種和栽培種產生結塊現象，而出現菌絲徒長。　　
　　防治方法：　　
　　1、在菌絲生長后期，應注意菇房的通風換氣，經常掀動塑料薄膜以增加透氣，適當降低二氧化碳濃度；培養料調配濕度應適當，防止過干或過濕；適當降低菇房內的溫度。總之，在栽培中，應加強科學正確的管理，避免菌絲徒長發生的環境條件，促進子實體的形成。          　　
　　2、如果菌絲已經徒長，培養料表面出現菌束網或菌被，可用刀劃破菌被或菌束網，噴一次重水，并進行大通風，降低溫度，制造溫差刺激，即可促進子實體的形成。　　
　　二、畸形菇
　　食用菌在栽培中，常常出現子實體形狀不規則的現象這稱為畸形菇。如平菇出現無數原基堆集成的花菜狀子實體，菌柄不分化或極少分化，無菌蓋。平菇原基分化后，常由異常分化的菌柄組成珊瑚狀子實體，菌蓋無或極小。有的菌蓋小而菌柄大，或菌蓋歪斜，鋸齒狀，甚至歪斜、交叉。平菇、香菇有的菌柄粗而菌蓋小，或菌柄彎曲，菌蓋凹凸不平，菌蓋邊緣反卷或呈波浪形等。　　
　　發生原因：　　 
　　1．造成畸形菇的原因很多，如機械損傷；
　　2．菇房內的空氣不流通，二氧化碳濃度過高；
　　3．菇床里的光照不足；
　　4．溫度偏高；
　　5．病毒為害；
　　6．因病用藥不當，發生藥害；
　　7．理化誘變劑的作用，以及遺傳變異等原因，均可造成畸形菇的發生。　　
　　防治方法：防治畸形菇發生的措施主要是對癥治療，減少機械創傷，合理安排栽種時期，避開高溫季節下出菇；加強菇房通風，給予適當的光照溫度條件，合理使用農藥，恰當使用誘變劑，選用優良的品種等。凡是綜合適當的管理，均可減少畸形菇的發生。　　
　　三、幼菇萎縮
　　多種食用菌栽培中會發生幼菇萎縮現象。其癥狀為幼菇及菇叢生長瘦弱，子實體顏色變黃白或淡黃褐色，菇體逐漸萎縮枯死。幼菇萎縮現象主要發生在頭兩潮菇出菇期間，小菇大量死亡，往往嚴重影響前期產量。　　
　　發生原因：　　
　　1、營養不良。培養料營養不足，含水量太低，出菇太密，營養供應不足。　　
　　2、高溫高濕。菇房通風不良，二氧化碳積累過多，幼菇窒息。　　
　　3、出菇時，噴水過多，或對菇體直接噴水，導致菇體水腫黃化，潰爛死亡。　　
　　4、用藥過量，產生藥害，傷害了小菇。　　
　　5、菇房內空氣濕度過低，幼菇失水致死。　　
　　防治方法：注意供應充足的營養，加強菇房通風，控制適當溫度濕度，適當噴水，適當用藥。　　
　　四、菌絲生長緩慢或不生長
　　草菇等食用菌在發菌階段常會出現菌絲生長緩慢或不生長現象，導致出菇延遲或不出菇，而影響產量。 　　
　　發生原因：　　
　　1、培養料含水量不適當，過多、過少均會造成菌絲生長緩慢，尤其是含水量過多時影響最大；培養料營養貧貧乏亦會造成菌絲生長緩慢。　　
　　2、培養料酸堿度不適宜，如酸度過高或過低均會影響菌絲的生長速度。　　
　　3、培養料的溫度過高或過低，直接影響菌絲的生長速度。特別是當溫度過高時，常會引起菌絲生長緩慢甚至燒死菌絲。
　　4、使用農藥不當，發生藥害。　　
　　防治方法：針對述發生原因，采取相應的措施進行防治，總之，在栽培過程中，要采取一切適當的措施進行管理，創造適宜的環境條件，合理使用農藥等，即可防治。