食用菌在生長發育過程中會遭受各種病菌的侵襲，引起減產甚至絕產。據統計，在食用菌新產區，由于病菌的危害．可造成10％～18％的產量損失，而在一些老產區，則高達50％～5％．嚴重的甚至造成絕產。所以，如何防治食用菌的各種病害，是保證食用菌栽培高產穩產的一項很重要的技術。
        一、消滅栽培場地的茵源。
        在栽培食用菌前，必須對栽培場地和周圍環境進行徹底的滅菌消毒。在新產區，一般可用濃度為5％的石灰水和800倍的殺菌劑噴灑，也可用硫磺熏蒸。消毒時，尤其應注意墻角、棚邊等死角。在老產區，由于多年生產，栽培場所內的病原菌較多，一定要徹底滅菌。若條件許可，可以更換栽培場所，以減少病原菌的數量。
        二、減少原料中的雜菌。
        生產上，首先要選擇新鮮、無霉變的各種栽培原料。其次，在用料時，要將各種栽培原料在陽光下暴曬2～3天。栽培平菇、雞腿菇等食用菌時，可采用短期發酵法消滅原料中的雜菌。具體做法是，將栽培料預濕后充分拌勻，接著堆成堆。料堆高1米、底寬1．5米。待料溫達到60℃時，保持10小時，然后進行翻堆。翻堆后，當溫度再達到60℃時，保持10小時即可。
        三、剔除污染的菌種。
        播種時，首先選擇優良菌種。對優良菌種除要求高產、優質、抗逆性強外，還要純度高、無病蟲感染且菌齡適宜。其次，播種工具要清潔，臉盆、鏟勺、手套、鐵锨等都要用石灰水或殺菌劑清洗消毒。再次，在栽培袋制作過程中，要選用優質低壓聚乙烯塑料筒。填料要嚴實，封口要嚴密，料筒排放應有少量間隔。