培養料配方：新鮮無霉變的棉子殼是生產有機金針菇的理想原料。一般可采用棉子殼90％、玉米粉3％、麥麩5％、石膏粉1％和糖1％，或棉子殼93％、麥麩5％、石膏粉1％和糖1％，或棉子殼87％、麥麩10％、石膏粉1％、糖1％、碳酸1％和鈣1％的配方。

　　栽培種配制：菌種可選用金針菇81號、金雜19號等。將培養料加水（培養料的1．3倍左右）拌勻后裝入17厘米×33厘米的聚丙烯塑料袋中，每袋約裝培養料0．4公斤，套上塑料頸圈，并用棉塞封口，于100℃溫度中常壓滅菌8～10小時，或每平方厘米1．5公斤壓力下滅菌2小時。滅菌后移入接種室，待培養料溫度降至30℃時，進行無菌操作接種，再將接好種的菌袋移入培養室內。在20℃～30℃的干燥環境中培養，30～40天菌絲即長滿菌袋。

　　菌袋覆土栽培：種發好菌后，除去棉塞和塑料頸圈，用剪刀剪去菌袋底部塑料（5～8厘米高），使底部菌絲裸露。將菇房用石灰水滅菌，然后鋪一層5～10厘米厚的細土，使裸露部分全部埋于土中，菌袋排列長度不限，寬度以7～8袋為宜。

　　出菇管理：除去接入的少量原種，拉直菌袋口，蓋一層報紙，并向菇床（菌袋）上噴施稀土溶液，以促進菌絲生長，提高金針菇的產量和品質。一般情況下，每3天用稀土溶液噴1次，每次每平方米菇床噴施0．5升。同時每天噴1～2次清水保持菌袋底部土壤濕潤，并加強通風。室內溫度控制在7℃～15℃，3～7天即可現蕾。一般可出菇3～4茬，當菇體長到符合標準時即可采收。生產實踐表明，稀土溶液的濃度以每升含稀土0．2克效果最好，使用后菌絲生長整齊、粗壯，生物學效率可達88．3％，金針菇的蛋白質含量高達30．3％。但是，如濃度大于每升溶液含稀土0．2毫克，對金針菇生長反而不利。由于菌袋底部埋在細土中，水分可源源不斷地從袋底部進入袋內，只要定期向土中補充水分，即可滿足菌絲對水分的需求。金針菇覆土栽培可比常規法栽培多出菇1～2茬，增產25％左右。