蘑菇需要水，但蘑菇又怕水，因為水多了又會傷害菌絲，造成蘑菇減產。用水方法，前面我們已經談過，不同的生育階段各不相同。除了水的用法，大棚蘑菇的管理還需要注意以下幾點：
一、病蟲害預防
病蟲對蘑菇威脅很大，一旦危害，后患無窮，有的甚至絕收。病蟲預防的重點是：培養料進房前要進行殺螨，重視二次發酵，菇房事先消毒殺蟲，菌種采用磷化鋁熏蒸處理，覆土用甲醛、石灰或疣孢凈、克霉靈處理，日常菇房常噴農藥。
二、預防游離氨
氨對菌絲有毒害作用，使播下菌種失去活力。發現培養料具有氨味，應停止下種，用甲醛進行消氨處理。甲醛用量視培養料和含氨量的多少而定，熏蒸后再翻格平整。一般只要做到堆料時注意配料的碳氮比，氮肥使用不宜過多，化肥要適量控制，堆建時把氮肥一次性投放完畢，就可避免游離氨的產生。當然造成菌種不恢復，原因尚有二次發酵不徹底，下種期升溫造成“燒菌”，培養發酵期延長，料腐熟過甚產生酸化及培養料過濕等均會發生不吃料現象。
三、防止大批死亡
蘑菇出菇階段常會出現小菇萎縮、變黃而死亡，主要原因有如下幾個方面：
1、持續高溫出菇階段氣溫高于23℃連續3天以上，菌蕾生長受到了溫度的抑制，有利于菌絲的生長發育，從而使營養產生逆向輸送，導至菌蕾既無營養也無水分而死亡。因此，出菇以后仍需有抗高溫的準備，如采用南面搭蔭棚，菇房屋面噴水，或用冰塊降溫以及適當推遲堆料，避開高溫等措施。
2、養分不足培養料沒有足夠營養供給，如堆料中氮源不足，特別是缺少糞肥，碳氮比失調，堆積培養料嫌氧發酵，培養料薄而少，營養不足，或秋菇養分已耗盡致使春菇夭折。因此，要求優質料、發好酵、翻好料，提倡厚料栽培等以提供充足的養分。
3、菇房或菇棚通風不良菇房郁悶，長時間通風不良，特別是出菇階段，子實體代謝旺盛，如關窗調水引起高溫高濕使大批子實體死亡。
4、水分管理不當子實體不同的生長發育期對水分的要求是不同的。菌層缺水、覆土層沒有足夠的水分供應也會造成幼蕾死亡，或用水不清潔、長期噴過頭水也會引起死亡。
5、滲透壓太高多次用食鹽水會增加滲透壓，使菌蕾失去水分而死亡。
6、蟲害孳生危害嚴重時會吃光菌絲，使菌蕾成批死亡。
7、濫用農藥出菇期間使用農藥，須按要求稀釋正確。隨意增加農藥濃度會產生藥害。禁止使用含有石化類乳化劑的農藥。
