1、袋料面出現白色絮狀氣生菌絲
原因①菌袋含水量偏低，保濕發菌階段空氣溫度不足。②搔菌后，催蕾室內二氧化碳濃度偏高，通風不足，延長了營養生長向生殖生長轉化的時間。
措施①調整培養基含水量。②增加保濕發菌階段空氣相對濕度，防止氣生菌絲生長過旺，形成菌膜。做好催蕾階段室內保溫與通風工作。
2、搔菌3天后，不見料面恢復
原因催蕾室小環境的空氣過于流通，菌袋料面覆蓋物未蓋嚴。
措施集中處理，用冷開水連續2天內輕噴2-3次，使料面濕潤，噴水10分鐘后再覆蓋，保持覆蓋物與料面之間有較高的相對濕度。
3、菌袋料面呈黑色潮濕狀
原因①直接將生水噴灑于料面。②薄膜水時間覆蓋料面，引起膜上冷凝水回滴，導致菌絲萎縮，料面變黑。
措施用滅過菌的小刀挖去發黑部分培養料，重新保濕發菌。
4、菇蕾變色枯死
原因在誘導出菇階段所分泌的小水珠未能及時風干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹沒，窒息而死。
措施待料面出現細小水珠時，逐漸加大室內通風，使室內的小水珠風干，水珠顏色呈淡黃色，清亮為正常，若呈茶褐色或混濁時，視為已被細菌感染。
5、原基密，有效菇稀
原因主要是金針菇發育不同步所致，因為抑制開傘，片面提高二氧化碳濃度，過早地將菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或過早進行套袋，使大部分菇蕾因得不到足夠的氧氣供應而窒息。
措施應根據不同季節，不同栽培環境，采取不同通風量的辦法來解決。在抑制階段要加大室內通風，讓長得高的菇蕾發白。春夏秋冬，雨天要加大室內空氣循環量，相對濕度保持80-85％，宜采用豎直往復式升降扇，確保栽培架每一層空氣均能充分流動。
