蘑菇主要病害有疣皰霉病又稱褐腐病或濕泡病、無頭菇，由疣皰霉菌侵染引起。蟲害主要有菇蛆、蕈蚊、蚤蠅、癭蠅、果蠅等雙翅目幼蟲及螨類和線蟲。福建省常年蘑菇的面積約有2000萬平方米，產量可達20萬噸。每年由于蘑菇病蟲害的為害，給菇農造成重大損失。為了挽回損失，菇農大量、頻繁使用農藥防治。有些農藥容易引起蘑菇藥害，或能抑制蘑菇菌絲的生長。更為重要的是蘑菇栽培周期短，尤其是在出菇期使用農藥，盲目選用一些常規毒性較高的農藥，使得農藥極易造成殘留，直接影響蘑菇的品質，對人類的健康不利。因此科學使用農藥顯得尤為重要。
　　一、菇房消毒
　　對菇房的消毒既可消滅菇房中的殘留的病原菌又可消滅蟲卵，尤其是老菇房更要做好消毒工作。熏蒸消毒是菇房消毒的最好方法，先用帶有熏蒸作用的藥劑如敵敵畏或賽丹對菇房四周進行噴霧處理，然后每立方米用80毫升福爾馬林倒入40克高錳酸鉀中進行熏蒸，熏蒸時要密閉菇房，2天后打開門窗通風換氣24小時再將培養料鋪上。
　　二、覆蓋土的消毒處理
　　蘑菇覆蓋土的消毒處理，是預防疣皰霉病、輪枝霉病的最好方法之一，第一批菇發病，覆蓋土通常是主要媒介，以后幾批菇發病常由氣流、噴水、蟲害以及操作人員和工具傳播分生孢子所引起的。尤其是曾發生過疣皰霉病或輪枝霉病的地方更要在覆土時進行消毒處理。可選擇施保功（國家正式登記在蘑菇上）或撲海因（國家沒有登記在蘑菇上）來處理，其方法是每平方米的覆土中加50%施保功可濕粉0.8～1.2克，也可選用50%撲海因可濕粉1.2～1.4克兌水1升均勻拌好。或在覆土后5～9天，用50%施保功可濕粉10克兌水25毫升、50%撲海因可濕粉1500～2000倍均勻噴在菇床上，每平方米菇床用藥液1升。
　　三、出菇期間的防治
　　蘑菇出菇期間，常伴有病害及蟲害的發生，尤其是蟲害，由于菇房四周衛生不良，門窗沒用窗紗，或窗紗網太大，使得外面的成蟲往菇房內跑，常造成幼蟲為害嚴重。而蘑菇一旦出菇，每天都得采菇，此時若選用農藥不當，勢必會增加農藥殘留量，影響人類健康。此時的藥劑選用和防治方法更為講究。
　　出菇期間感病的，可用塑料袋套住發病菇，連同病區土壤一并挖出，集中處理，同時應選用高效、低毒、低殘留的農藥，如用50%施保功可濕粉10克兌水25升、50%撲海因可濕粉15克兌水25升對周圍的菇床和覆土進行噴霧處理。
　　菇蛆發生特點：一年多代，全年有二高峰，分另4～5月和10～11月。
　　菇蛆防治：在噴藥時要注意通風透氣，降低菇房中的空氣濕度。可選用高效、低毒、低殘留的農藥如銳勁特5%懸浮劑10毫升兌水15公斤噴霧。對于草腐菌（如蘑菇）噴藥時要做到面料和菇床底部雙面噴霧，噴霧力求均勻。對于木腐菌，袋栽的（如茶薪菇等）要先對菌袋斷水2～3天，待菌袋稍干后在噴藥液；用藥14小時能使基部培養料里的菇蛆爬到菇床面上來，直立于料面，不吃，不斷掙扎。48小時出現死亡。在菇房這種暗光環境下，銳勁特藥效會持續更長時間。
　　四、菇轉潮時的防治
　　當菇轉潮時，要注意蘑菇的病蟲害的藥劑防治，實際上此時是防治的最好時期，距采菇還有一段時間（考慮到農藥殘留問題，盡量不要在出菇時用藥防治）。可選用的殺菌劑如50%施保功可濕粉10克、50%撲海因可濕粉15克兌水25升加殺蟲劑如5%銳勁特懸浮液17～25毫升進行噴霧，如果殺蟲劑不是用銳勁特，則應加些紅糖來引誘害蟲跑出菇床面上來，達到防治效果。
　　用施保功防治病害，對菌絲的生長有一定的抑制作用，盡量少用和不能頻用藥，但很快恢復，對產量和質量并不影響。
　　總之，隨著科學的不斷發展，更多高效、低毒、低殘留的新藥劑也被不斷開發出來。一種新的藥劑要在蘑菇上使用，應先做安全性試驗，然后才能在生產上大面積推廣使用。