蘑菇主要病害有疣皰霉病又稱褐腐病或濕泡病、無頭菇，由疣皰霉菌侵染引起。蟲害主要有菇蛆、蕈蚊、蚤蠅、癭蠅、果蠅等雙翅目幼蟲及螨類和線蟲。福建省常年蘑菇的面積約有2000萬平方米，產量可達20萬噸。每年由于蘑菇病蟲害的為害，給菇農造成重大損失。為了挽回損失，菇農大量、頻繁使用農藥防治。有些農藥容易引起蘑菇藥害，或能抑制蘑菇菌絲的生長。更為重要的是蘑菇栽培周期短，尤其是在出菇期使用農藥，盲目選用一些常規(guī)毒性較高的農藥，使得農藥極易造成殘留，直接影響蘑菇的品質，對人類的健康不利。因此科學使用農藥顯得尤為重要。
　　一、菇房消毒
　　對菇房的消毒既可消滅菇房中的殘留的病原菌又可消滅蟲卵，尤其是老菇房更要做好消毒工作。熏蒸消毒是菇房消毒的最好方法，先用帶有熏蒸作用的藥劑如敵敵畏或賽丹對菇房四周進行噴霧處理，然后每立方米用80毫升福爾馬林倒入40克高錳酸鉀中進行熏蒸，熏蒸時要密閉菇房，2天后打開門窗通風換氣24小時再將培養(yǎng)料鋪上。
　　二、覆蓋土的消毒處理
　　蘑菇覆蓋土的消毒處理，是預防疣皰霉病、輪枝霉病的最好方法之一，第一批菇發(fā)病，覆蓋土通常是主要媒介，以后幾批菇發(fā)病常由氣流、噴水、蟲害以及操作人員和工具傳播分生孢子所引起的。尤其是曾發(fā)生過疣皰霉病或輪枝霉病的地方更要在覆土時進行消毒處理。可選擇施保功（國家正式登記在蘑菇上）或撲海因（國家沒有登記在蘑菇上）來處理，其方法是每平方米的覆土中加50%施保功可濕粉0.8～1.2克，也可選用50%撲海因可濕粉1.2～1.4克兌水1升均勻拌好。或在覆土后5～9天，用50%施保功可濕粉10克兌水25毫升、50%撲海因可濕粉1500～2000倍均勻噴在菇床上，每平方米菇床用藥液1升。
　　三、出菇期間的防治
　　蘑菇出菇期間，常伴有病害及蟲害的發(fā)生，尤其是蟲害，由于菇房四周衛(wèi)生不良，門窗沒用窗紗，或窗紗網太大，使得外面的成蟲往菇房內跑，常造成幼蟲為害嚴重。而蘑菇一旦出菇，每天都得采菇，此時若選用農藥不當，勢必會增加農藥殘留量，影響人類健康。此時的藥劑選用和防治方法更為講究。
　　出菇期間感病的，可用塑料袋套住發(fā)病菇，連同病區(qū)土壤一并挖出，集中處理，同時應選用高效、低毒、低殘留的農藥，如用50%施保功可濕粉10克兌水25升、50%撲海因可濕粉15克兌水25升對周圍的菇床和覆土進行噴霧處理。
　　菇蛆發(fā)生特點：一年多代，全年有二高峰，分另4～5月和10～11月。
　　菇蛆防治：在噴藥時要注意通風透氣，降低菇房中的空氣濕度。可選用高效、低毒、低殘留的農藥如銳勁特5%懸浮劑10毫升兌水15公斤噴霧。對于草腐菌（如蘑菇）噴藥時要做到面料和菇床底部雙面噴霧，噴霧力求均勻。對于木腐菌，袋栽的（如茶薪菇等）要先對菌袋斷水2～3天，待菌袋稍干后在噴藥液；用藥14小時能使基部培養(yǎng)料里的菇蛆爬到菇床面上來，直立于料面，不吃，不斷掙扎。48小時出現死亡。在菇房這種暗光環(huán)境下，銳勁特藥效會持續(xù)更長時間。
　　四、菇轉潮時的防治
　　當菇轉潮時，要注意蘑菇的病蟲害的藥劑防治，實際上此時是防治的最好時期，距采菇還有一段時間（考慮到農藥殘留問題，盡量不要在出菇時用藥防治）。可選用的殺菌劑如50%施保功可濕粉10克、50%撲海因可濕粉15克兌水25升加殺蟲劑如5%銳勁特懸浮液17～25毫升進行噴霧，如果殺蟲劑不是用銳勁特，則應加些紅糖來引誘害蟲跑出菇床面上來，達到防治效果。
　　用施保功防治病害，對菌絲的生長有一定的抑制作用，盡量少用和不能頻用藥，但很快恢復，對產量和質量并不影響。
　　總之，隨著科學的不斷發(fā)展，更多高效、低毒、低殘留的新藥劑也被不斷開發(fā)出來。一種新的藥劑要在蘑菇上使用，應先做安全性試驗，然后才能在生產上大面積推廣使用。