蘑菇主要病害有疣皰霉病又稱褐腐病或濕泡病、無(wú)頭菇，由疣皰霉菌侵染引起。蟲(chóng)害主要有菇蛆、蕈蚊、蚤蠅、癭蠅、果蠅等雙翅目幼蟲(chóng)及螨類和線蟲(chóng)。福建省常年蘑菇的面積約有2000萬(wàn)平方米，產(chǎn)量可達(dá)20萬(wàn)噸。每年由于蘑菇病蟲(chóng)害的為害，給菇農(nóng)造成重大損失。為了挽回?fù)p失，菇農(nóng)大量、頻繁使用農(nóng)藥防治。有些農(nóng)藥容易引起蘑菇藥害，或能抑制蘑菇菌絲的生長(zhǎng)。更為重要的是蘑菇栽培周期短，尤其是在出菇期使用農(nóng)藥，盲目選用一些常規(guī)毒性較高的農(nóng)藥，使得農(nóng)藥極易造成殘留，直接影響蘑菇的品質(zhì)，對(duì)人類的健康不利。因此科學(xué)使用農(nóng)藥顯得尤為重要。
　　一、菇房消毒
　　對(duì)菇房的消毒既可消滅菇房中的殘留的病原菌又可消滅蟲(chóng)卵，尤其是老菇房更要做好消毒工作。熏蒸消毒是菇房消毒的最好方法，先用帶有熏蒸作用的藥劑如敵敵畏或賽丹對(duì)菇房四周進(jìn)行噴霧處理，然后每立方米用80毫升福爾馬林倒入40克高錳酸鉀中進(jìn)行熏蒸，熏蒸時(shí)要密閉菇房，2天后打開(kāi)門窗通風(fēng)換氣24小時(shí)再將培養(yǎng)料鋪上。
　　二、覆蓋土的消毒處理
　　蘑菇覆蓋土的消毒處理，是預(yù)防疣皰霉病、輪枝霉病的最好方法之一，第一批菇發(fā)病，覆蓋土通常是主要媒介，以后幾批菇發(fā)病常由氣流、噴水、蟲(chóng)害以及操作人員和工具傳播分生孢子所引起的。尤其是曾發(fā)生過(guò)疣皰霉病或輪枝霉病的地方更要在覆土?xí)r進(jìn)行消毒處理。可選擇施保功（國(guó)家正式登記在蘑菇上）或撲海因（國(guó)家沒(méi)有登記在蘑菇上）來(lái)處理，其方法是每平方米的覆土中加50%施保功可濕粉0.8～1.2克，也可選用50%撲海因可濕粉1.2～1.4克兌水1升均勻拌好?；蛟诟餐梁?～9天，用50%施保功可濕粉10克兌水25毫升、50%撲海因可濕粉1500～2000倍均勻噴在菇床上，每平方米菇床用藥液1升。
　　三、出菇期間的防治
　　蘑菇出菇期間，常伴有病害及蟲(chóng)害的發(fā)生，尤其是蟲(chóng)害，由于菇房四周衛(wèi)生不良，門窗沒(méi)用窗紗，或窗紗網(wǎng)太大，使得外面的成蟲(chóng)往菇房?jī)?nèi)跑，常造成幼蟲(chóng)為害嚴(yán)重。而蘑菇一旦出菇，每天都得采菇，此時(shí)若選用農(nóng)藥不當(dāng)，勢(shì)必會(huì)增加農(nóng)藥殘留量，影響人類健康。此時(shí)的藥劑選用和防治方法更為講究。
　　出菇期間感病的，可用塑料袋套住發(fā)病菇，連同病區(qū)土壤一并挖出，集中處理，同時(shí)應(yīng)選用高效、低毒、低殘留的農(nóng)藥，如用50%施保功可濕粉10克兌水25升、50%撲海因可濕粉15克兌水25升對(duì)周圍的菇床和覆土進(jìn)行噴霧處理。
　　菇蛆發(fā)生特點(diǎn)：一年多代，全年有二高峰，分另4～5月和10～11月。
　　菇蛆防治：在噴藥時(shí)要注意通風(fēng)透氣，降低菇房中的空氣濕度?？蛇x用高效、低毒、低殘留的農(nóng)藥如銳勁特5%懸浮劑10毫升兌水15公斤噴霧。對(duì)于草腐菌（如蘑菇）噴藥時(shí)要做到面料和菇床底部雙面噴霧，噴霧力求均勻。對(duì)于木腐菌，袋栽的（如茶薪菇等）要先對(duì)菌袋斷水2～3天，待菌袋稍干后在噴藥液；用藥14小時(shí)能使基部培養(yǎng)料里的菇蛆爬到菇床面上來(lái)，直立于料面，不吃，不斷掙扎。48小時(shí)出現(xiàn)死亡。在菇房這種暗光環(huán)境下，銳勁特藥效會(huì)持續(xù)更長(zhǎng)時(shí)間。
　　四、菇轉(zhuǎn)潮時(shí)的防治
　　當(dāng)菇轉(zhuǎn)潮時(shí)，要注意蘑菇的病蟲(chóng)害的藥劑防治，實(shí)際上此時(shí)是防治的最好時(shí)期，距采菇還有一段時(shí)間（考慮到農(nóng)藥殘留問(wèn)題，盡量不要在出菇時(shí)用藥防治）?？蛇x用的殺菌劑如50%施保功可濕粉10克、50%撲海因可濕粉15克兌水25升加殺蟲(chóng)劑如5%銳勁特懸浮液17～25毫升進(jìn)行噴霧，如果殺蟲(chóng)劑不是用銳勁特，則應(yīng)加些紅糖來(lái)引誘害蟲(chóng)跑出菇床面上來(lái)，達(dá)到防治效果。
　　用施保功防治病害，對(duì)菌絲的生長(zhǎng)有一定的抑制作用，盡量少用和不能頻用藥，但很快恢復(fù)，對(duì)產(chǎn)量和質(zhì)量并不影響。
　　總之，隨著科學(xué)的不斷發(fā)展，更多高效、低毒、低殘留的新藥劑也被不斷開(kāi)發(fā)出來(lái)。一種新的藥劑要在蘑菇上使用，應(yīng)先做安全性試驗(yàn)，然后才能在生產(chǎn)上大面積推廣使用。