黑斑病和銹斑病是金針菇栽培常見的兩種病害。既影響產量，又影響品質。其防治方法分別如下：
　　一、黑斑病 黑斑病是一種由假單孢稈菌引起的細菌性病害。發病后金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大后直徑達2－4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。該病以危害菌蓋為主。患病的菌蓋再傳播到相鄰的子實體，嚴重時整個菌蓋變成黑色，有輕微的臭味。病重時影響金針菇產量和商品性。發病重時金針菇失去食用價值。
　　防治方法：防治金針菇黑斑病最重要的是控制適宜的溫、濕度。菇房灑水時，不可將水直接灑在金針菇子實體上，特別不可用冷水噴灑，否則會使菌蓋吸水過多，誘發黑斑病的發生。菇房內濕度不宜長時間超過90%，要看天氣變化灑水，晴天灑水掌握輕、勤、細，陰雨天少灑或不灑。每次灑水后加強通風然后再覆蓋地膜。出菇期間室內氣溫應調至17℃以下。要合理安排好接種時間，使出菇時間在日常溫度未升至19℃以上結束。發病后要及時將病菇摘除，并噴灑每毫升含100－200單位的農用鏈霉素，或漂白粉600倍液。
　　二、銹斑病 銹斑病是由假單孢菌引起的，感病金針菇菌蓋產生銹色斑點。主要侵染金針菇菌蓋。初期為針頭狀，后擴大成芝麻粒大小，邊緣不整齊，病斑之間又能互相聯合成不規則的大銹斑。該病的病原菌在自然界分布廣，存在于培養料及漂浮在空氣中，在高溫高濕、通風不良等條件下銹斑病易發生。
　　防治方法：為預防銹斑病，菇房灑水時不要直接灑向子實體，防止料面出現積水。灑水后及時通風，室內空氣相對濕度不要長時間超過95%，菌袋表面覆蓋地膜要待子實體水分涼干后再蓋。發病初期，防止病菌向健康子實體蔓延，并用50%多菌靈800倍液或每毫升100－200個單位的農用鏈霉素噴灑防治。