黑木耳栽培處在高溫高濕的季節，雜菌及病蟲害較多。雜菌在耳木上生長，消耗養分，占據生長空間，并分泌有害物質抑制黑木耳菌絲生長及子實體形成和發育。害蟲大多蛀食耳片和耳根、或耳木，還會傳播病蟲造成危害。
　　一、常見雜菌：
　　1. 環紋炭團菌：是危害殼斗科耳木的主要雜菌。多出現在耳木表面的縱溝中，形似黃豆大小的黑色顆粒，嚴重時連成片。此菌多在潮濕陰蔽處發生。耳木被害后，抑制黑木耳菌絲生長，甚至其他雜菌也不能生長。
　　2. 牛皮箍：此菌有黑白兩種，緊貼在耳木上生長，形似貼藥膏。多在陰雨天發生，引起木質部粉狀腐朽，這種耳木便不發生耳芽。
　　3. 韌皮菌、朱紅栓菌、絨毛栓菌：這些菌都能引起耳木腐朽、影響木耳的生長。
　　4. 青霉、木霉：這些菌能在耳木上生長、消耗養分。在代料栽培木耳是一種主要雜菌，影響木耳生長。
　　二、常見害蟲：危害木耳的主要害蟲有偽步行蟲、線蟲、螞蟻、薊馬等，這些害蟲或咬食耳片，或咬食菌絲，或蛀食耳木，造成危害。此外，還有蛞蝓、尺蠖、小蜘蛛、天牛、吉丁蟲等危害耳木的害蟲。
　　三、防治方法：
　　1. 選用高產抗逆力強菌種。
　　2. 盡量保護好段木樹皮，用石灰水對截口消毒。
　　3. 保持耳場清潔、經常消毒。
　　4. 木耳成熟后要及時采收，并做好收耳后清理工作。
　　5. 發現感染雜菌或蟲害的耳木或培養料，要立即搬離現場，減少病原傳播。
　　6. 局部發生病蟲害，可采用人工捕捉，部分挖除等方法處理。
　　7. 做好越冬耳木管理。
　　8. 栽培過程中做好溫度、水分、通氣的調控，采取促進木耳生勢為主，藥物防治為副的管理方針。