食用菌生產上常有菇蚊、菇蠅類、螨類、跳蟲、線蟲等害蟲危害，還有其它害蟲或小動物可形成一定程度的危害，如蝸牛、鼠婦、螻蛄等。
    　減少蟲類危害　首選預防措施
    　基料堆酵階段：
　　1、使用防蟲網來預防蟲類近料產卵，是經濟有效、方法簡便的上佳措施，同時又有效解決了藥物殘留問題。選用一般蔬菜育種上用的防蟲網即可，即使微小的菇蠅也無法鉆進。
　　2、經常噴灑高效、低殘藥物于料表驅避蟲類，但使用濃度應低，噴灑量要少，以免產生藥殘。再次，有條件時盡量采用熟料栽培方法，防蟲的同時又兼滅雜菌、病菌，一舉多得。
　　3、在雙孢菇、姬松茸菇類栽培時，推廣應用二次發酵技術，高達60℃以上的溫度，持續2天左右，將使蟲類活體包括卵、幼蟲以及成蟲全部被殺滅，盡管生產成本稍有提高，但卻換來了既殺蟲、又殺（抑）菌、而且基料腐熟均勻、祛除異味等諸多效應，可謂一舉多得。
   　 播種發菌階段：
　　相當數量的蟲害就是在該階段侵入的，一般持續約3周－5周的發菌階段，平菇、雞腿菇等菌袋均扎有微孔，可完全滿足菇蚊類、螨類蟲的進出而基本不受限制。首先，高密度窗紗（如防蟲網）封裝發菌室門窗及通風口等，并堅持閉光培養，以免成蟲趨光進入。其次，經常檢查室內有否成蟲，一經發現，立即噴灑菊酯類低濃度藥物予以殺滅，即使單純噴灑清水，使菇蚊類翅膀上沾有水珠，成蟲即可墜地并不能再度飛起，亦可致死。最后，培養室周圍環境較差時，例如靠近垃圾、廄廁、糞堆等，除盡可能的予以清理防范外，室內需經常噴灑殺蟲藥物于空間、墻壁上，也是非常有力的防范措施之一。
   　 出菇管理階段：
　　1、菇棚門窗及通風口封裝高密度窗紗（防蟲網即可），防成蟲進入。
　　2、盡量降低棚內光線。
　　3、管理用水堅持用井水或自來水，不用溝、灣、塘中的“死水”。
　　4、進出口地面撒1米－2米寬的石灰帶，以防螨類、鼠婦等害蟲及小動物進入。　　5、在出菇間歇，適量噴灑菊酯類藥物，并配合施用甲醛、漂白粉類藥物，具有蟲、菌兼防的雙重作用，但在子實體生長其內，應禁用任何藥物，以防藥殘影響質量。
   　 及時殺滅害蟲
　　及時發現蟲害并采取措施予以殺滅，應嚴格選擇藥物品種，既注意藥殘問題，又防止發生藥害。
　　初發蟲害密度極小時，使用高效低殘的菊酯類藥物，空中或料表覆土噴霧即可予以殺滅。
　　中等發生時，將有部分產卵于料內，可將子實體一次性采光，對菇蚊及跳蟲類采用800倍DDV對料表、覆土層噴施，并覆膜3小時－5小時；對螨類蟲害可噴灑1000倍殺螨類藥物，如掃螨特、殺螨醇等，亦經覆膜數小時；對線蟲類采用0.5％甲醛溶液予以重噴，亦須覆膜2小時－4小時。
　　當料表出現褐色斑塊、菌柄有蟲蛀現象時，已屬重度發生。此時，幼蟲多在料內，噴灑藥物一般無效，可采用磷化鋁“通殺”的措施予以一次性全部殺滅。方法是：將子實體全部采光，菌墻栽培時，使用塑膜覆蓋菌墻，兩邊間隔1米放置一片磷化鋁，快速將塑膜四周用土壓實，約8小時－10小時即可。菌畦栽培方式的殺蟲，參考上述。注意要點：操作要快；覆膜要壓實；撤膜時，應先打開菇棚門、窗及通風口。然后將塑膜掀開，待1小時－2小時后，再將塑膜移出棚外，將磷化鋁廢料小心撿出，予以深埋處理。
　　采用磷化鋁時注意安全，通風后人員方可進入操作。