1、腐爛病：真菌性病害，主要特征是菇床覆土層上出現細如蛛絲的白色菌絲，無規律生長，呈蛛網狀盤列，染病菇體基本停止生長，逐漸變褐、發軟、腐爛。防治措施：處理覆土材料，防病于未萌之時。藥物處理菇棚，一般可使用百病傻對菇棚進行地毯式噴灑，以徹底殺滅病原菌，密閉2天后即可啟用。控制棚溫在12℃以上、棚濕在90%以下。發現病害，立即采取挖除、清理措施。

2、褐斑病：主要癥狀表現為染病菇體的菌蓋表面產生大小不一的褐色或土褐色斑點，隨著時間的延長和病情的加重，斑點逐漸擴大，并從斑點處發生白色至灰白色的凹陷，該病的最大特點是病菇不粘、不爛、不臭，最后干縮死亡。防治措施：參考蘑菇腐爛病的防治措施。

3、紅根菇：主要原因是細菌類感染，可噴灑蘑菇殺病靈溶液；但有時因基料經長時間分解利用后，pH值下降嚴重，或遇高溫一次性用水太重太急時，也可發生該現象。處理措施：往畦面噴灑2%石灰水上清液，提高基料pH值在8左右，避免一次性澆灌大水。

4、銹點菇：菇體上的鐵銹色斑點，對其商品質量影響嚴重，主要原因是管理不當引致細菌性感染，如棚濕過大、菇體上積聚小水滴，而棚內通風又不能及時使之蒸發，如果時間稍長，很可能因此引發該類病害。處理措施：加強通風，空間噴霧使菇體上有小水珠時，更應強制通風，使水珠在1～2小時內蒸發掉，并噴灑蘑菇殺病靈溶液。

5、菌絲不吃料：原因是菌種退化、老化，適性差，生命力弱；或菌種運輸中接受36℃以上高溫或經暴曬；或基料內氨氣太重，抑制菌種萌發。處理措施：更換菌種；屬氨氣太重原因時，將料抖松，噴2%石灰水，也可直接噴施清水，將氨氣結合帶入床基土壤，同時加強通風，使空間中的氨氣隨風排出，等正常后重新播種。

6、菌絲萎縮：原因是基料發酵不勻，料內產熱；或鋪料偏厚，基料或覆土材料含水偏高。處理措施：在床基上翻料，揀出未發酵完全的大團塊糞肥生料。