1、菇蠅幼蟲又稱菌蛆，主要取食子實體造成隧道而影響品質，且造成的傷口還很易被病菌感染而腐爛。

防治菇蠅在不同時期應采用不同方法。出菇前有菌蛆大量發生，可用敵敵畏按0.9千克／100平方米的量進行熏蒸，同時在每個培養塊上再噴0.15千克的1％氯化鉀或氯化鈉溶液（可用5％食鹽水代替）；出菇后有菌蛆為害可噴魚藤精、除蟲菌酯，煙堿等低毒農藥。（煙堿可自制：取0.5千克煙梗，加水5千克煮沸后取溶液噴灑）。此外還應加強通風，調節棚內溫濕度來惡化害蟲生存環境，達到防治其為害的目的。

2、菇蚊以幼蟲期為害最大，除在培養料表面蛀食外，有的還結網罩住菇蕾，使菇體不能正常生長。

防治方法：采收后噴500－800倍的敵百蟲，同時在菇棚門和窗口處還要加上尼龍紗以防成蟲飛入產卵、繁殖為害。 

3、菌虱是一種螨類，個體很小，爬行較快，主要取食子實體和菌絲造成危害。防治時首先應杜絕蟲源侵入菇棚，因其主要來源于倉庫、飼料間的各種飼料里，所以利用倉庫、雞舍等作為養菌室時要徹底消毒，并用石灰刷墻，使用前再用敵敵畏熏蒸1次；培養期間發現菌虱可用棉球沾50％敵敵畏懸掛熏蒸或噴施1％硫酸尼古丁溶液，也可用豬骨頭等帶腥味的東西噴上亞硫磷等農藥后放在培養塊附近，把菌虱引誘上去，再取出后燒掉或用開水燙死。 

4、線蟲是一種無色的小蠕蟲，體形極小，僅1毫米左右。幼蟲侵害菌絲體和子實體，開始時菌蓋變黑，以后整個子實體全變黑腐爛并有霉臭味。

防治方法：蒸料時要使蒸汽充分接觸培養料，以殺死全部線蟲。出菇后，可用50毫克／千克的硫化鋅噴施培養塊來防治其為害。 

5、跳蟲又名煙灰蟲。它具有靈活的尾部，彈跳自如，體具蠟質，不怕水。常分布在菇床表面或潮濕的陰暗處咬食子實體。出菇前發生可用1：1000倍的敵敵畏加少量蜜糖誘殺。或用亞砷酸制劑或有機磷制劑涂于地瓜片上進行誘殺。出菇后一般不能直接使用農藥，此時可利用新鮮桔皮0．25－0．50千克切成碎片，用紗布包好榨取汁液，再加入0．50千克溫水之后用1：20的比例噴施2－3次，防跳蟲有效率達90％以上。 

6、蛞蝓俗稱鼻涕蟲，系軟體動物，身體裸露，無外殼。其畏光怕熱，白天躲在磚、石塊下面及土縫中，黃昏后陸續出來取食為害，天亮前又躲起來。

防治方法：米糠或豆餅加入2％砷酸鈣或砷酸鋁制成毒餌誘殺，也可用15－20倍氯化鈉溶液地面噴灑驅除成蟲。晚上9－10點鐘是它們集中活動時期，這時可進行人工捕捉。 

7、薊馬成蟲黑色，體小，身體略扁，復眼突出，若蟲桔紅色。其主要吸取菌體汁液，嚴重時可導致菌體萎縮。防治方法：用40％樂果乳劑1500－2000倍液噴，或90％敵百蟲、50％馬拉硫磷1000－1500倍液噴霧，防效可達80－90％。 

8、螻蛄用毒餌誘殺效果最好。其配方為敵百蟲50克，米糠或麥麩1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合后撒于地面上，螻蛄、蚊類食后立即死亡。 

9、其它害蟲偽步行蟲、蛀板蟲等可用魚藤精500－800倍液噴霧或80％敵敵畏1000－1500倍液噴霧都可取得較好防效。白蟻主要為害茯靈等菌類。挖巢滅蟻是避免或減少白蟻為害的有效方法。另外還可用臭椿樹枝法即將菇棚周圍挖一小溝，把新鮮臭椿樹枝均勻地放在溝內，用土蓋上，對白蟻有很強的驅避作用。