在食用菌廠，臭氧氣體用于食用菌培養室，接菌室食用菌培養室，接菌室與制菌工具與制菌工具消毒是非常方便，有效的傳統的消毒方法是用甲醛，硫磺等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛，硫磺熏蒸的弊病較多，國外近期研究證明，在控制空氣微生物方面，臭氧是甲醛和其它化學熏劑的替代物。通過化學霧化，紫外線與臭氧作消毒劑的對照試驗，結論是臭氧既有效又無殘留，臭氧“大大抑制” 食用菌培養室，接菌室與制菌工具中各種細菌群體的生長。
其方法是；（1）將臭氧發生器直接放在食用菌培養室，接菌室入門口上方或放在離地面2m-2.5m的地方加以固定，對潔凈區進行消毒滅菌（2）大的食用菌廠可以將臭氧發生器放在食用菌培養室，接菌室的外面，通過管道將臭氧打入各輸入口中，然后被送入各潔凈區，或采用臺式自帶風機臭氧發生器，多點設計將臭氧散布在潔凈區內，統稱為外置式臭氧發生器，外置式臭氧發生器安裝檢修方便。（3）采用臭氧發生器連接導氣管和曝氣系統，在食用菌培養室，接菌室，黑木耳深加工廠頂部布設曝氣管網，將臭氧送入潔凈區。特別是在食用菌生產前把各菌房用臭氧提前殺菌消毒。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食用菌廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同時，能耗減少，人身健康，取得了滿意效果。
現在市場上臭氧產品五花八門，質量不一，主要是有家用小型，食品廠型，沒有專用于食用菌木耳和蘑菇的專用臭氧設備。公司專門為此設計的YJ-10系列產品，能迅速將臭氧傳送到空間的各個地方，電腦定時控制，無死角，可達到百級潔凈度。
二，空間的消毒滅菌
（1） 食用菌培養室，接菌室，操作室，工作室，催芽棚，木耳，蘑菇、香菇、平菇載培大棚，黑木耳，蘑菇深加工車間包裝車間。利用臭氧消毒殺菌效果極佳。同時可去除各類雜菌和異味污染，保證商檢出口質量。按照衛生部消毒技術規范要求，對空間消毒的臭氧濃度是10ppm,即20mg/m3濃度的臭氧，作用40min,對自然菌殺滅率達到98%以上。一般（0.5—1.0×10-6臭氧即可達到90%以上的空氣殺菌率。在150m3的培養室內，臭氧消毒2h（臭氧濃度4×10-6=左右=0.000004）前后對照數據；
空氣中細菌總數（個/m3）         消毒前/消毒后
食用菌培養室                     1325 / 00
接    菌  室                     1208 / 00
催 芽 大 棚                      2360 /26
深加工包裝間                     1587 / 00 
車間滅菌臭氧消毒機廠家根據空間大小，擺放菌代多少設定消毒時間，消毒結束便自動關機，使用方便。按房間空間體積的大小選型使用。只要滿足臭氧濃度的要求，必需是食用菌專用的高純臭氧發生器。就可以達到消毒殺菌目的，其它類型無效。
（2）物體的表面消毒滅菌在食用菌生產過程中，常常要對原材料，工具器材，包裝物，生產場所等進行體表面消毒。特別是要對調好的培養基在臭氧消毒下進行多次翻動攤開消毒。在高壓滅菌時效果更好，高壓滅菌后的菌代口極易感染雜菌這時做表面殺菌非常重要。傳統的方法是用紫外線消毒，但消毒不徹底，存在消毒死角，衰減快，對于特定環境中的某些細菌無法殺死等種種弊端。按照衛生部消毒技術規范要求，用臭氧氣體對物體表面上污染的微生物的殺滅，一般要求30ppm,即60mg/m3，相對濕度≥70%，作用60min-120min可達到消毒效果。
接菌消毒在準備接菌前開啟臭氧機50min，回復30min接菌人員進入接菌室把臭氧機調至低濃度0.1-0.2PPm可進行在無菌下接菌。但事實上，潔凈區消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒所以，高純度臭氧發生器食用菌專用（其它臭氧機達不到）設計時的濃度一般大于10PPm。菌代剛上架消毒在2h，以后每天40min,就可以保證一天內潔凈區內的浮游菌和沉降菌達到SSOP的要求。為黑色木耳，綠色品質，科學消毒。