臭氧對細菌、霉菌、病菌等微生物具有極強的殺滅力。它殺滅病毒是通地直接破壞其RNA和NDA物質業完成的；而殺來細菌、老菌類微生物的過程則是臭氧首先作用于細薄臘，繼而破壞臘內組織直至溶解死亡。臭氧在食用菌栽培中的殺菌應用如下：
1.菌菇滅菌房在50立方米-100平方米的室內，搭成多層菌菇架，做好植菇前準備工作。然后在室內較高處（離天花板20厘米-30厘米）安裝1臺壁掛式臭氧發生器，關好門、窗，開機1小時，即可達95%以上滅菌效果。
2.培養基處理，培養基按原配方要求配好，攤晾在室內擱層架上，一切準備好后，開機1小時，即可95%以上滅菌效果。臭氧是氣體具有彌撒性，可以擴散到任意角落，對任何角落進行消毒，沒有死角。
3.將接好的菌種移入菌菇房內，開機滅菌30分鐘，然后關機，每天觀察食用菌生長情況。為確保菌種生長的良好環境，每次觀察，可開機15分鐘，停機后密封，防止腐殖菌、雜菌滋生，促進食用菌健康生長。為方便操作，可將臭氧機的電源開關安裝在菌菇房門外方便使用。入室操作后即閉門開機，定時關機。
食用菌在我國被稱為農業生產的第四大產業。是繼糧食，生豬，瓜果之后又一快速發展農業品種。食用菌生產的成敗，產量高底，質量的優劣，直接取決于生產制作過程中的每個關鍵環節。
一、培養料配置
培養料主要以樺木料的木屑為最好，配以棉子殼、黃豆桿、玉米芯等。輔以麥麩皮、米糠、添加微量元素。原材料新鮮、干燥、無霉爛變質是成功的基礎。
培養料的配制先按比例將所需原料(木屑、麥麩皮、石膏)干料充分混合拌均，添加的微量元素倒入水中化開后加入料中，反復攪拌多次，使料干濕均勻成團料要打散開。
二、消毒環節
采用臭氧技術對食用菌生產環節進行滅菌消毒，可以在常溫下處理，降低能耗，替代高溫滅菌柜。
培養料消毒:是食用菌培養最關鍵環節。配制好的培養料采用高濃度臭氧水機生產的10mg/L臭氧水浸泡1小時。
培養瓶或培養袋消毒：采用10mg/L高濃度臭氧水浸泡30分鐘。
接種室消毒：接種室在培養前三天采用臭氧機對空氣強化消毒。臭氧消毒濃度為20-30mg/M3.滅菌徹底是提高成品率、降低成本、提高效益的關鍵環節。培養料采用臭氧水浸泡。可以保證培養料衛生、殺死培養料中的霉菌等。靈活掌握培養料的含水量，根據木屑質地軟硬、粗細、含水量、空氣濕度的大小等，配比的含水量予以相應調整。一般含水量達55-60%即可。培養料的含水量直接影響菌絲的正常生長，含水量過低菌絲生活力降低，含水量過高則降低菌絲的呼吸強度，影響菌絲的正常生長。
三、優質菌種選擇及接種
選擇適宜本地生長的優質、高產、高抗的優良菌株，嚴禁使用有雜質菌污染和蟲害跡象以及退化、老化的劣質菌種。嚴格接種程序，確保接種成功率。接種室要求干凈、干燥、密閉、遠離污染源。滅好的菌袋或菌瓶進入接種室內。接種室內事先應經過臭氧消毒。接種工具、接種人員的雙手要用75％酒精消毒。接種要迅速準確，接種量不宜太小。
四、發菌培養
接種后的菌袋或菌瓶放入培養室內，調控好環境溫度，培養室要求干凈、通氣、干燥，室溫宜控制在20－25℃左右，相對濕度70％左右（視品種而定）。當菌絲長到5－10cm左右即可翻袋檢查，及時淘汰污染袋，調整菌袋位置以利換氣通風，當菌絲長到一半時，再翻袋檢查一次。整個發菌培養階段不需要光照。
發菌培養室內每天采用臭氧氣體對培養室消毒1小時即可。
五、出菇棚場地建立和出菇
出菇棚要選擇在近河流、空氣流暢、四周寬闊、遠離禽畜養殖場、釀造廠、生活區、醫院、垃圾場的地方。