【作者】嚴俊杰 張磊 謝斌 黃千慧 龍瑩 謝寶貴
【機構】福建農林大學菌物研究中心 福建農林大學生命科學學院 福建農林大學園藝學院
摘要：可變剪接是引起蛋白多樣性的主要機制之一,而轉錄組reads的重新定位是獲取可變剪接位點的有效方法,適合在基因組較小的真菌中應用。ZOOM軟件是一款可在window系統下運行的reads可視化定位軟件,被廣泛用于下一代基因組測序(NGS)的reads定位及單堿基多態性位點(SNP)的發掘。本文發現該軟件分析可變剪接的新用途,并以禾谷鐮刀菌Fusarium graminearum的4個基因為例詳細描述該方法在真菌可變剪接位點識別中的應用,這些結果均獲得RT-PCR的驗證。
基金：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107)； the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302)； the China Agriculture Research System(CARS24)；
關鍵詞：3’端可變剪接; 5’端可變剪接; 內含子保留; 外顯子互斥; RNA-seq數據; 生物信息學方法; reads定位;