由于人工栽培的食用菌直接作為菜肴為人們食用，因此農藥污染的控制閑的尤為重要；加之食用菌對大多數農藥都很敏感，易發生藥害。生物防治技術是實現食用菌無公害生產的關鍵技術，對食用菌產品質量和生態環境都不會造成任何不利影響。細菌制劑，如蘇云金桿菌(Bacillus thuringiensis Berliner)是目前國內外生物農藥中的主打殺蟲劑，由于制劑是昆蟲病原細菌所產生的伴孢晶體蛋白，只有經昆蟲吞食后昆蟲方可感病死亡，這種寄生的專一性決定了此種生物殺蟲劑在菇房使用的安全性。
       目前，市場上的蘇云金桿菌殺蟲劑，有鱗翅目殺蟲劑和雙翅目殺蟲劑兩大類。植物制劑，如魚藤精、煙草浸出液、苦楝等。苦楝(Melia azedarach L.)可防治食用菌害蟲，其樹皮、葉和果均有殺蟲效果，可有效控制眼蕈蚊和蠅類害蟲對食用菌的危害。抗生素類，如鏈霉素、金霉素等，主要防治細菌性病害。天敵，如害螨，可利用害螨的天敵捕食螨來對付。捕食螨不危害植物，只捕食害螨，施放后只要食源充足，就可以不斷繁衍。捕食螨吃盡害螨后，會自相蠶食，因此要在較大范圍內長期利用捕食螨控制害螨，必須實現捕食螨的規模化人工繁殖和飼養。昆蟲病原線蟲是一類專性寄生昆蟲的線蟲，它通過昆蟲的自然孔口或表皮進入寄主血腔，并釋放其攜帶的共生細菌，產生毒素物質致死寄主昆蟲。在北美和歐洲等發達國家，它已作為免注冊登記的生物制劑，用于防治菇房蚊蛆。