一、農業防治法
1.換茬、輪作、切斷病蟲食源。對于發生過嚴重性病害或蟲害的栽培房不應連續種植相同的品種，以防相同的病蟲暴發，難以控制。
2.選用抗病性強、生活力強、高純度的菌種。引進優良菌種時選擇適宜于出菇季節溫度出菇的品種，這樣才能消除或減少病蟲害侵染的機會，安全發菌順利出菇。
3.保持制種場所環境清潔干燥。制種發菌場所提高菌種成品率的重要措施之一就是保持整個制種場所清潔、干澡、無污染菌袋、無積水、排水溝通暢、空氣、水源清新、干凈。這樣空氣中雜菌指數低，接種和發菌期間感染的機會也隨之降低。
4.同一菇房同一品種，同期播種、出菇。采取這種措施是便于管理和防治病蟲為害。在能保證正常出菇的條件下，并適當降低菇房內的濕度，增加通氣量，有助于減少病菌的生存條件。采菇后及時清除殘菇，斷根，清除污染菌袋，保持菇房清潔，極大程度地降低病蟲滋生條件。
二、物理防治法
1.強化基質滅菌或消毒處理，保證熟化菌袋的純無菌程度。滅菌期間常壓100℃維持8～10小時，高壓121℃維持2.5～3小時，切實殺死基質內的一切微生物菌體和芽孢。使用的菌袋韌性要強，無微孔，封口要嚴，裝袋時操作要細致，防止破袋。
2.規范接種程序，嚴格無菌操作。菌種生產要按照無菌操作程序進行，層層把關，嚴格控制，才能生產出純度高、活力強的菌種。有條件的菌種場，滅菌灶應安排進袋口和出袋口門，中部隔斷，出袋口處連接種室，經冷卻后，在潔凈臺內接種。操作人員要穿戴好工作服，確保接種室的高度無菌程度。
3.安全發菌、防止雜菌害蟲侵入菌袋。菌種或菌袋發菌室應具備恒溫條件，溫度控制在20℃～26℃之間，防止溫差過大而引起菌袋出現水汽，雜菌入侵而污染。同時遮光培養，減少蚊蠅成蟲飛入產卵為害。
三、化學防治法
害蟲既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病與除蟲要同步進行。在采取一切防患措施的基礎上，適當選用一些高效、低毒、低殘留的化學藥劑防治，可以把病蟲為害控制到最小的限度。常用的化學藥劑如下：
1.石灰：栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1~2%的石灰水調至呈微堿性反應，又利防病很促進菌絲體的生長；采菇后也可用石灰上清液噴灑，有利產量的提高和防病。菇床培養料發現局部受木霉為害時，可用紗布包石灰粉，直接在污染處撒一薄層，可控制病害的擴展蔓延。棉塞受脈胞霉為害時，可將棉塞經火焰滅菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如紅栓菌等的為害時，在刮除子實體后，期刮傷面應及時用5%石灰水（或波爾水液）涂抹，防止再生。
2.硫磺：菇房進料前的消毒，可用硫磺多點煙熏，劑量微5克/立方米，點燃硫磺后密閉48小時，過1～2天后進料。
3.煤油或柴油：棉塞、膠布等處如發現有粉紅色的脈孢霉霉層時，應及時滴上適量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉層糜爛。
4.甲醛：菌種袋或菌種塊層局部受木霉等雜菌污染時，可用2%甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培養料受胡桃肉狀菌感染時，應及時將受污染的培養料及覆土挖掉，再用2%甲醛溶液噴灑感染的床面。
5.漂白粉：菌袋局部發生木霉時，可用10%的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量為0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。
6.抗生素：母種培養基加入適量抗生素如鏈霉素、慶大霉素、金霉素等可抑制細菌的生長，加入量一般以每毫升含100～200單位為宜。銀耳發現受紅酵母為害時，應及時刮除有病的子實體，并噴灑每毫升100～200單位鏈霉素。
7.過磷酸鈣：病原菌如白色石膏霉。褐色石膏霉等喜高溫、偏堿條件，堆料時可適當增加過磷酸鈣和石含量，既可提供營養又有防病作用，在菇床上局部發生這些病菌時，也可將過磷酸鈣直接撒在發病的料上，能抑制病菌的蔓延。
8.波爾多液：一般用磷酸銅1公斤、生石灰1公斤和水100公斤配制而成，隨配隨用。蘑菇貝勒貝孢霉病的病原菌對銅制劑很敏感，用波爾多液或硫酸銅稀釋液直接噴灑發病部位，對控制病害的擴大有一定作用。
9.敵百蟲：草菇折翅菌蚊、平菇厲眼蕈蚊等發生嚴重時，可在出菇前或采菇后用90%敵百蟲1000倍液噴灑。
10.敵敵畏：菇、耳房周圍定期噴灑50%敵敵畏1∶1000倍液、可有效消滅蟲源。
11.溴氰菊酯：平菇厲眼蕈蚊發生嚴重時，可于采菇后用2.5%溴氰菊酯1500～2000倍液噴灑。
12.毒餌誘殺：黑腹果蠅等成蟲喜在爛果或發酵物上取食和產卵，可取一些爛果和酒渣放在盤中，倒入少量50%敵敵畏1000倍液以誘殺成蟲。廝腐蠅成蟲對醋酒液有趨性，可用酒：糖：醋：水=1∶2∶3∶4的糖醋酒液加上幾滴敵敵畏液，置于燈光下誘殺成蟲。用砷酸鈣于餅糠（1∶10）制成的毒餌，于傍晚撒于栽培產生附近，可誘殺蛞蝓、蝸牛。
