常見的蟲害有螨類、線蟲、跳蟲、蛞蝓、菇蚊、菇蠅 等，害蟲的特點是繁殖快，危害嚴重咬食菌絲或子實體，造成了實體死亡或葬失商品價值。
菇蚊
黑葵蚊、眼蕈蚊等雙翅目昆蟲統稱為“菇蚊”。菇蚊的危害可使香菇減產30%左右。因此，有效防治“菇蚊”，可使香菇栽培增產30%左右。
生活習性和發生規律
菇蚊喜歡在潮濕、骯臟的環境繁衍，體積小繁殖快，幼蟲喜潮濕，有趨光性，喜群居。真菌的菌絲是這類蟲子最好釣食料之一，其危害方式主要是咬食菌絲，破壞菌絲正常生長，導致菌絲衰弱或死亡，同時還給雜菌的侵染創造了條件，使一些競爭性雜菌在菇蚊的為害斑上大量繁殖并產生抗菌素，引發病害而進一步破壞香菇菌絲，造成惡性循環。此外，跳蟲、螨蟲、線蟲等也會趁機在咬斑內大量繁殖為害，加重危害程度。蟲、病的綜合作用結果造成菌絲自溶，培養基松散，黑水橫流。
菇蚊的幼蟲在人造菇木內為害2～3周后，變硬化蛹，經3～7天蛹期，羽化為成蟲飛出，成蟲飛出的當日便進行交尾，并很快產卵。每只雌蟲能產卵數十粒至300粒不等。菇段受害后，病斑產生特殊美味，對菇蟲有很強的引誘性。因此，菇蚊往往會回到病斑上產卵，引起下一個世代的為害。
綜合防治措施
1、及時清理廢舊培養料。香菇采收過程，應及時將廢棄的菇木挑出集中堆放，采收一結束，應馬上將全部菇木離架脫袋集中堆放，并徹底打掃菇棚。廢料堆應遠離下一批菇木的發菌場所，堆內潑灑5%的石灰水，然后在堆面噴200倍敵敵畏液，加蓋塑料膜，這樣既可促進發酵腐熟，又可殺蟲滅菌。廢料堆放40天后，可以作有機肥使用；同時應提倡辦沼氣池，以減少林木資源消耗，凈化環境污染，減少蟲害。
2、保持發菌場所和出菇場地清潔。堆放前發菌場所和菇棚包括人造菇木堆放地及周邊環境要進行清掃，并用石灰粉或漂白粉消毒，殺蟲滅菌。栽培前，菇房、菇場要噴藥殺蟲，可用40%的敵敵畏1000―1500倍液噴灑。菇林要疏排，及時翻堆，及時刺孔通氣，加強管理，提高蕈菌自身抗病蟲能力。老舊菇棚及時拆遷，推廣使用遮陽網；菇棚或堆放場所周邊環境要求保持清潔，及時清理生活垃圾、動物糞便、污泥濁水或廢棄菌棒等。
3、正確掌握防除菇蚊的方法。防除菇蚊主要有噴霧、注射、挖除、誘殺等四種方法：
噴霧。噴霧是殺死菇蚊成蟲的關鍵措施。通過噴霧殺蟲可及時殺死成蟲，大大降低成蟲產卵量。殺成蟲可用菇類專用殺蟲劑菇蟲凈。該藥具有觸殺和胃毒雙重作用，且藥效持久，一般在刺孔通氣前噴一次，到剝袋時（花菇除外）再噴一次即可有效杜絕成蟲再產卵。
注射。對在筒袋內為害的菇蚊幼蟲，可選用300倍敵敵畏液注射病斑，每厘米直徑注射0.5～1毫升，不可過量。
挖除。就是挖除病斑，剔盡黑色木屑，然后涂上石灰水，同時及時燒毀或深埋剔除下來的病斑木屑。
誘殺。根據菇蚊對病斑的趨性，在人造菇木堆放場所選留部分菇蚊為害較重的菇木作誘餌，筒內施少量呋喃丹，誘其菇蚊產卵將其殺滅。
4、保護接種口。接種口是病蟲染菌最容易侵染的部位之一，這幾年接種期間，菇蚊為害猖獗。因此，要求全部封蠟或貼紙膠保護，也可套袋保護。
5、出菇期間發生眼菌蚊，可用40%的敵敵畏1000―1500倍液噴殺，也可用25%的菊樂合酯2000倍液噴料面防治。噴灑1000倍敵百蟲或敵殺死溶液殺滅。
6、在刺孔前一天及刺孔后一周內，選用慶元縣食用菌科研中心制的“農用蚊香”。殺滅堆放場所的菇蚊成蟲，降低蟲口密度。
7、非居室堆放場所也可用殺蟲劑兌水噴霧。可選用3斤裝的手持噴霧器，與居室相連的堆放場所，可選菊脂類低毒農藥，如殺滅菊脂、溴腈菊脂、甲腈菊脂等，最好用一次性衛生殺蟲劑，如雷達、槍手、滅害靈等。要注意人畜安全。
8、為害斑的治療。早期受害的菌棒，為害斑將以菌蟲混發的形成不斷擴展，往往造成整段毀壞。因此，早檢查、早治療是降低損失的重要措施。具體方法如下：結合翻堆或平時操作，認真檢查菌棒，接種口或刺孔單位如果發現局部變黑色，應及時選出處理。處理方法是將變黑部分（即為害斑）徹底挖除，用相同品種的菌塊填補，再用塑料寬膠帶封綁。用于填補的菌塊，可從廢棄的菌筒中選取，但要求菌塊完好、無感染。
