菇蚊蠅包含多個種類，本市食用菌生產中以蕈蚊、糞蚊、癭蚊和蚤蠅等為主。菇蚊蠅主要以幼蟲為害食用菌的菌絲體和子實體，常爬行于菌絲之間咬食菌絲，使培養料發黑、變松、下陷，菌絲由白色變成黃褐色，造成出菇困難。出菇后，幼蟲從菇柄基部取食為害，并逐漸蛀食到菇體內部，以原基和幼菇受害最重，被害菇變褐后呈革質狀，且幼蟲造成的傷口容易被病菌感染而腐爛。菇蚊蠅成蟲不直接取食為害食用菌，但常攜帶病菌、線蟲和螨類出入菇房，造成間接為害。菇蚊蠅食性雜，喜腐殖質，常集居在不潔凈之處，如垃圾、廢料、死菇和老根上。菇蚊蠅的卵、幼蟲、蛹主要隨培養料或覆土進入菌床，成蟲則直接飛入菇房繁殖產卵。
菇蚊蠅以幼蟲鉆蛀為害，且個體小、為害隱蔽、適生能力強、繁殖速度快，食用菌生產中一旦發生為害很難徹底控制，特別是平菇、茶樹菇等菌袋生產中藥劑防治往往難于施用，加之國內已登記可在食用菌上使用的殺蟲劑非常有限，導致防治效果不理想。許多試驗表明，一些殺蟲劑對食用菌的菌絲和子實體生長有不同程度的抑制作用，此外，由于食用菌子實體生長周期短，如果不嚴格按照使用方法使用和執行安全間隔期，化學防治易造成農藥殘留超標，存在食品安全的風險。
因此，根據菇蚊蠅發生特點，想對其進行有效的防控就必須以預防為主，防重于治，防治方法采取以物理防治為主的綜合防治措施。
1.搞好栽培場所及周邊的環境衛生，消除蟲源：及時清除廢料、收獲后的菇根、爛菇等，嚴禁堆放在菇房周圍，可堆漚后作廢料；生產結束后或開始前，選用敵敵畏等煙劑進行棚室熏煙滅蟲或噴灑殺蟲劑殺蟲，減少蟲源、確保生產環境安全。
2.物理阻隔，防止成蟲飛入菇房：菇房門口、窗口、通風口安裝40目或40目以上的防蟲網，把菇蚊蠅成蟲阻擋在菇房外，避免其發生和為害。
3.物理誘殺，監測、殺滅進入菇房的成蟲：利用菇蚊蠅成蟲的趨光性，在菇房內安裝菇蚊蠅誘蟲燈或懸掛黃板，監測并殺滅成蟲。
4.優先選用生物藥劑防治，嚴格執行安全間隔期：菇床、菌袋用藥，必須選用高效低毒、低殘留的無公害藥劑，用藥應在菇體采摘后進行，以免造成藥害或殘留超標，用藥后要適當控制出菇時間，嚴格執行農藥安全間隔期，避免子實體中藥劑殘留超標。生物藥劑可選用0.1%魚藤精，或5%天然除蟲菊素，或Bti（蘇云金芽孢桿菌以色列變種）粉劑等。
