近年來，各地大力調整種植結構，大棚、露地及室內食用菌栽培面積不斷擴大，但在食用菌病蟲害防治中還存在許多問題，現簡述如下，并提出針對性的措施。
1.對病蟲害缺乏了解
食用菌病蟲害種類較多，尤其是在大棚、室外露地、高溫高濕環境下種類更多。菇農對常見病蟲害的生活史、危害特點了解不多，因而造成防治難以有效。
2.重病不重蟲，重治不重防
因為蟲害識別及防治難度明顯高于雜菌病害，且防效往往不直觀，多數菇農重病輕蟲，即使重視蟲害，也多重治輕防。但蟲害一旦發生再進行防治，其效果就很差。孰不知許多雜菌病害都是蟲害帶入的，應著重預防，在雜菌病害與蟲害未發生或發生初期防治，才能收到良好效果。
3.重化防，輕農防
多數病蟲害用化防效果較差，并且花費人力、物力、財力較大。采取農業措施，加強栽培管理，制造不利于病蟲害發生的生態條件，才能最大限度地避免或降低病蟲害發生程度，收到事半功倍的效果。可采取的主要栽培措施有：選用抗雜力強、耐病蟲品種，選擇適宜播期進行合理地輪作、間作、套作、制種、配料，清除菇場內外廢物垃圾、病蟲害菌料、病蟲害子實體及菇腳殘菇片等集中燒毀或深埋。
4.對生物防治認識不足
生物防治可以取代部分化學農藥，不污染食用菌與環境，是發展綠色食用菌的有效途徑。然而，菇農普遍對其重要性認識不足，生物殺蟲劑、殺菌劑的用量只占農藥總量的１０％～２０％，當前比較成熟的生物技術及農藥品種有：
①利用致病性微生物防蟲，發現本地食用菌害蟲因得病而死的僵尸蟲體，可以從死蟲體中分離原菌，通過培養繁殖后作為生物農藥使用，效果較好。 ②用阿維菌素、阿巴丁、天霸等防治菇蚊、蠅、螨、蜱、線蟲等雙翅目與鱗翅目幼蟲，但無殺卵作用。
③菇哈哈復配食用菌專用劑，對菇蚊、蠅、螨類、線蟲、蜱類、跳蟲、薊馬等９個目害蟲均有特效。
④農抗１２０防治青霉、根霉，農用鏈霉素防治細菌性病害。
⑤菇衛士：主要對競爭性雜菌，如鏈孢霉、綠霉、黑霉、青霉、根霉、毛霉、石膏霉、紅霉、酵母、細菌等有極強殺滅作用；對寄生性真菌病害（疣孢霉病、干泡病、軟腐病、霜霉病、根腐病、流耳、爛耳）、細菌性病害（褐斑病、黃菇病、菌褶滴水病）以及病毒性病害（立枯病、頂枯病）均有特效。
