鏈孢霉菌絲一般在25℃～36℃生長最快，24℃以下生長緩慢，并且不受相對濕度的影響，所以在夏秋季容易發生。菌絲pH值偏酸性，可以在偏酸性的培養基上生長、擴散。但是鏈孢霉在2～3天就可長滿培養料表面，與食用菌的菌絲爭奪營養、水分及空間，常引起整批培養料的污染和報廢。因此要用針對性的藥劑就是盡早防治。
發現病菌時抓緊在專門的密閉空間解開袋口把感染的部分倒出來深埋或燒毀。剩余的原料倒出來在太陽下暴曬10天左右后收集起來，在下次拌料時兌入新料后使用。同時搞好環境衛生。接種室、發菌室、出菇棚內外要及時開展消毒。購買菌種時要嚴格把關，因為癥狀比較典型，基本可以通過目測發現。如果接種時發現被雜菌感染的菌種要及時處理，堅決不用。發現菌袋開洞或裂縫時要及時用膠帶粘好。夏季高溫拌料時要加入加入生石灰以防料發酸，在拌料時加入護樹大將軍可以消毒殺菌，減少菌種自身細菌感染。
