在栽培食用菌的過程中，有時會受到某些不良環境因素的影響，造成生長發育障礙，產生各種異常現象，導致減產及品質下降，即所謂的生理性病害。常見的主要有以下幾種：
　　1、菌絲徒長
　　蘑菇、香菇、平菇等栽培時均有發生。在菇房濕度過大和通風不良的條件下，菌絲在覆土表面或培養料面生長過旺，形成一層致密的不透水的菌被，推遲出菇或出菇稀少，造成減產。在栽培過程中，一旦出現菌絲徒長的現象，就應立即加強菇房通風，降低二氧化碳濃度，減少細土表面濕度，并適當降低菇房溫度，抑制菌絲徒長，促進出菇。若土面已出現菌被，可將菌膜劃破，然后噴重水，大通風，仍可望出菇。
　　2、畸形菇
　　蘑菇、平菇、香菇等食用菌栽培過程中，常出現形狀不規則的子實體，或者形成未分化的組織塊。如栽培平菇時，常出現由無數原基堆集成的花菜狀子實體，菌柄不分化或極少分化，無菌蓋。原基發生后的畸形菇，則是由異常分化的菌柄組成珊瑚狀子實體，菌蓋無或者極小。蘑菇、香菇常出現菌柄肥大，蓋小肉薄，或者無菌褶的高腳菇等畸形菇。造成食用菌形成畸形菇的原因很多，主要是二氧化碳濃度過高，供氧不足；或覆土顆粒太大，出菇部位低；或光照不足；或溫度偏高；或用藥不當而引起藥害等。
　　3、薄皮早開傘
在蘑菇出菇旺季，由于出菇過密，溫度偏高，很容易產生薄皮早開傘現象，影響蘑菇質量。在栽培中，菌絲不要調得過高，宜將出菇部位控制在細土縫和粗細土粒之間；防止出菇過密，適當降低菇房溫度，可減少薄皮早開傘現象。
　　4、硬開傘
　　當溫度低于18℃，且溫差變化達10℃左右時，蘑菇的幼嫩子實體往往出現提早開傘（硬開傘）現象。在突然降溫，菇房空氣濕度偏低的情況下，蘑菇硬開傘現象尤甚，嚴重影響蘑菇的產量和品質。在低溫來臨之前，應做好菇房保溫工作；減小室內溫差，同時增加菇房內空氣相對濕度，可防止或減少蘑菇硬開傘。
　　5、空根白心
　　蘑菇旺產期如果溫度偏高（18℃以上），菇房相對濕度太低，加上土面噴水偏少，土層較干，蘑菇菌柄容易產生白心。在切削過程中，或加工泡水階段，有時白心部分收縮或脫落，形成菌柄中空的蘑菇，嚴重影響質量。為了防止這種現象的發生，可在夜間或早晚通風，適當降低菇房溫度，同時向菇房空間噴水，提高空氣相對濕度。噴水力求輕重結合，盡量使粗土細土都保持濕潤。
　　6、死菇
　　在蘑菇、香菇、草菇、平菇、金針菇等多種食用菌的栽培中，均有死菇現象發生。尤其是頭兩潮菇出菇期間，小菇往往大量死亡，嚴重影響前期產量。造成死菇的原因，一是出菇過密過擠，營養供應不足；二是高溫高濕，菇房或菇場通風不良，二氧化碳累積過量，致使小菇悶死；三是出菇時噴水過多，且對菇體直接噴水，導致菇體水腫黃化，潰爛死亡；四是用藥過量，產生藥害，傷害了小菇。
　　7、水銹斑
　　多見于蘑菇。菇房通風不良，空氣相對濕度超過95%時，菇蓋上常有積水，或覆土粒上有銹斑，都會使蘑菇菌蓋表面產生鐵銹色斑點，影響菇體外觀。避免使用帶鐵銹色的覆土，加強通風排濕，及時蒸發菌蓋表面的水滴，可防止蘑菇水銹斑的發生。