綠霉菌又叫綠色木霉菌，是為害平菇最嚴重的病原菌之一，主要發生在沒有發菌的菌塊或未經徹底消毒的培養料上，酸性和濕度較大的環境中容易孳生綠霉菌。其孢子在空中傳播快，繁衍迅猛。
　　在平菇不同的生產階段都遭受其危害，一旦發病，輕者減產，重者絕收，成為制約平菇生產發展的重要障礙。
　　現將其綜合防治措施介紹如下：
　　（一）搞好菇房消毒
　　對菇房及四周要進行徹底消毒，消除各種雜物。用石灰或黃泥抹墻縫。用10%的新鮮石灰水涂刷墻壁、房頂及床架，用來蘇兒噴灑地面、房頂，在地面上再撒生石灰粉，最后用食用菌專用煙霧消毒劑按每立方米3---4克進行熏蒸消毒。在平菇栽培期間，定期噴灑0.02%綠霉凈或0.02---0.03菌絕殺。
　　（二）選用優良菌種
　　平菇菌種要選菌絲濃密、潔白、粗壯、抗雜能力強、無污染、適齡的優質菌種。
　　（三）選用優質培養料
　　培養料要新鮮無污染，配料內可加入2%左右的石灰、1%的石膏和0.1%-0.15%的克霉靈或0.1%~0.2%的多菌靈，可抑制綠霉菌的生長。若培養料不新鮮或有霉變，進行高溫發酵徹底滅菌處理后再利用。
　　（四）加強栽培管理
　　菇房的溫度在栽培的初期不宜太高，空氣濕度控制在70%左右，對空氣中的霉菌生長不利，但不影響平菇菌絲的生長。栽培時，可以加大用種量，一般菌種用量應占干料重的10%-15%，使平菇菌絲在短期內形成生長優勢。栽培過程中，適當通風換氣，控制菇房環境條件，使之有利于菌絲生長，抑制綠霉菌。
　　（五）藥劑防治
　　1.生料栽培時，每100公斤培養料中添加克霉靈100克，可有效抑制霉菌孳生。
　　2.菌袋兩端發生少量綠霉時，用0.1%綠霉凈、0.1%-0.2%克霉靈或濃石灰水上清液涂抹或噴灑被害部位，可防止分生孢子擴散蔓延，或用0.02%菌絕殺處理侵染部位能抑制雜菌生長。
　　3.菌袋出現綠霉已深入到料內，應及時用0.2%菌絕殺液浸沙布蓋住，然后輕輕挖掉已污染的料塊，在挖除后的料面噴0.2%多菌靈或其它殺菌劑，也可涂抹濃石灰乳，再用新鮮料或菌種填平，可控制其發展，或用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，補上新料。
　　4.對于污染嚴重的菌袋可深埋處理。
　　5.在出菇期間，可用克霉靈800倍液，隔3-5天噴霧1次，能收到一定的防治效果 ；也可用70%的甲基托布津，或50%的多菌靈1000倍液，或10%的水劑雙效靈隔3~5天噴霧1次，能收到一定的防治效果。
　　6.用克霉靈200倍液注射料袋內的綠霉或洗刷床面綠霉。
　　7.用800倍液苯菌靈溶液噴灑料袋霉菌處，或用3％的來蘇水溶液噴灑霉菌處，洗擦工具后將霉菌挖掉，每挖1次將工具洗擦1次，挖除后填補培養料和菌種此法可徹底根治晚期霉菌。
　　8.在霉菌處涂刷95％的酒精或煤油，點火燒掉，然后挖除，填補新料。