黑木耳生產過程中，高溫高濕的條件下，雜菌及病蟲害較多。如環紋炭團菌、牛皮箍、韌皮菌、青霉、木霉等雜菌在耳木上生長，消耗養分，占據生長空間，并分泌有害物質抑制黑木耳菌絲生長及子實體形成和發育。又有偽步行蟲、線蟲、螞蟻、薊馬等害蟲大多蛀食耳片和耳根、或耳木，還會傳播病蟲造成危害。一般防治方法有：
1. 選用高產抗逆力強菌種。
2. 盡量保護好段木樹皮，用石灰水對截口消毒。
3. 保持耳場清潔、經常消毒。
4. 木耳成熟后要及時采收，并做好收耳后清理工作。
5. 發現感染雜菌或蟲害的耳木或培養料，要立即搬離現場，減少病原傳播。
6. 局部發生病蟲害，可采用人工捕捉，部分挖除等方法處理。
7. 做好越冬耳木管理。
8. 栽培過程中做好溫度、水分、通氣的調控，采取促進木耳生勢為主、藥物防治為副的管理方針。
