侵染性病害一旦在食用菌的子實體上發生，整株子實體的商品價值就完全喪失。由于菇房的高溫高濕環境和每日必需的噴水管理，使病害的傳播蔓延大大快于綠色作物。經菇農的實踐證明，食用菌病害的防治應遵守以下五個原則：
一、防治貫穿栽培始終
在整個栽培過程中，特別要注意溫度和濕度的控制，加強通風，抑制病原菌的生長和侵染，同時注意用具的消毒，并創造一個潔凈的生長環境。
二、以培養料和覆土的處理為重點
食用菌各種病害的病原菌大多存在于培養料和覆土材料中，是食用菌病害的最初侵染源，因此，除進行發酵料栽培外，尤其是在發病區或老菇棚，應盡量進行熟料栽培。在平菇的栽培實踐中，近幾年黃斑病普遍發生，且有嚴重發展的趨勢，但熟料栽培的基本沒有造成危害。
三、狠抓場所和環境消毒
不少病原菌自然存在于土壤表面、空氣和各種有機體上，特別是老菇房的內壁和床架，會留有前一生產季存留下來的病原菌。環境和場所消毒最簡單和經濟的方法是陽光下暴曬，可將菇棚蓋頂掀起，先曬地面，然后深翻，再暴曬。甲醛、過氧乙酸、硫黃、漂白粉等也是很好的環境消毒劑，且無污染。
四、及早施藥處理
出菇期病害一旦發生，要及早處理，如清除病菇、處理病灶、噴灑殺菌劑等。若處理不成時，很易造成病害流行，難以控制。
五、先采菇后施藥
藥物防治時，若不先行采菇，藥劑很容易污染菇體，并造成大量殘留。因此，藥劑防治時，必須做到先采菇，后施藥，施藥后菇房采取偏干管理，抑制子實體原基形成。目前使用的殺菌劑殘留期一般在14天左右，多數食用菌子實體從原基形成至成熟采收需7天左右，因此，施藥后需8天才可出菇。
