雞腿菇栽培過程中常出現一些異常問題，應針對其發生原因積極采取措施預防和補救。
頭茬菇太密，轉潮困難
表現為頭潮菇多、個體小，甚至成叢的菇蕾將覆土掀起，造成大批小菇因脫離料面死亡，難出二潮菇。這是由菌棒過密或過長，料層過厚引起的。防治對策：脫袋栽培時菌棒之間留3～5厘米的間隙，并用土將縫隙填實，或者將菌棒切成兩段或橫放出菇。
不在床面出菇
床面出菇少而四周土埂出菇多。其誘因是覆土厚度不適宜，床土干而散，四周土層較潮濕。防治對策：覆土厚度不超過3厘米，含水量控制在20%～30%。
菌絲“冒土”
菌絲徒長，冒出床面，甚至形成菌被。防治對策：在菌絲快長至床面時加強通風，使床土表面干燥，促進菌絲向生殖生長轉化。如果是輕微冒菌絲，在加強通風的同時對床面撒草木灰即可；如菌絲形成菌被，需用刀劃掉，挑掉菌塊，然后噴大水，增強通風，床面補換細土。
大量發生“紅頭”菇
菌蓋鱗片呈鐵銹色，但不深入菌肉，不影響生長發育。其誘因是床料濕度和空氣濕度過大，光線不適宜。防治對策：子實體出土后噴水必須結合通風，不噴關門水，以保持菇體表面無水和有適宜的光照強度。
