秋季氣候比較干燥，降溫保濕及防治病菌是有機蘑菇秋菇出菇期種植的措施之一。

　　1.病斑型以褐斑病為主，子實體表面有白色的毛狀菌絲，同時著生褐色小斑點，受其影響，蘑菇頂蓋上出現萎縮，個別的蘑菇蓋部干裂;還有的以銹斑為主，蘑菇柄、菇蓋上出現鐵銹色的斑點，主要原因是棚內濕度過大，通風不良。

　　2.畸型主要表現在蘑菇柄細長，根系發達且粗壯，外部形態好像海中的珊瑚，主要原因是大棚中缺少氧氣或者通風不良。

　　3.徒長型：蘑菇的菌絲體表層生出大量團狀氣生菌絲，使平蘑出現了徒長的狀態。這種現象的發生主要是大棚內濕度過大，影響了蘑菇的正常生長。針對上述幾種不同類型，要采取如下措施預防蘑菇病害的發生。首先在栽培中注意不要澆水過多，控制棚內的濕度，濕度過大時要及時放風。另外，還要注意菌株的提純復壯，載體的滅菌消毒等。此外，有的平蘑受螨蟲(紅蜘蛛)的為害，主要表現在平蘑的菌絲體和子實體受害。個別的菌蓋、菌褶也受為害，造成平蘑表面出現了許多黃色凹形斑，影響了平蘑的質量和外觀。另外，在平蘑生產中，種蠅在平蘑基部產卵后，孵化出大量的幼蟲，為害平蘑的各種部位。防治方法：不管是紅蜘蛛還是種蠅，均可用1.8%的蟲螨克400至600倍液或4%綠菜寶乳油400到600倍液噴霧。