有機香菇的病蟲害防治必須使用使用化學藥物，應選擇國家允許的農藥，嚴格按照國家規定的安全用藥標準施用。有機香菇病蟲害的防治應著重采用生物和物理的防治方法，改善栽培條件、滿足香菇生長、發育各個環節對外部環境條件的要求，使菌袋每個階段都處于旺盛生長態勢，讓病害無法侵染。選擇新鮮優質的原輔材料、優質菌種、保證滅菌徹底、接種刺孔操作規范、選擇適宜的栽培季節，就能極大限度地抑制病蟲害的發生、發展和漫延，就可不用農藥。
有機香菇常見的蟲害有螨類、線蟲、跳蟲、蛞蝓、菇蚊、菇蠅等，這些害蟲的特點是繁殖快，危害嚴重咬食菌絲或子實體，造成子實體死亡或喪失商品價值。下面簡單介紹其防治措施。
1.螨類:螨類有粉螨和蒲螨二種，俗稱菌虱，體積小繁殖快，肉眼不易發現，常潛伏在接種穴周圍。蠶食菌絲，使菌絲不萌發而萎縮。
防治:局部發生用25%敵敵畏50倍滴注，室內也噴一遍，以徹底消除。如菌袋發現大量螨類時，可用20%殺螨醇，500倍濃浸泡5—8小時，輔以室內消毒。
2.線蟲:粉紅色線狀蠕蟲，主要危害子實體，并帶進細菌，造成子實體腐爛，致使小菇逐漸萎縮而死亡。
防治:注意環境清潔衛生，清除垃圾。用1%生石灰與1%食鹽水泡菌袋12小時。
3.跳蟲:叫香灰蟲、煙灰蟲，幼蟲白色，成蟲灰蘭色，喜跳善躍,動作極快。繁殖迅速,危害菌絲，發病后子實體，尤其是菇蕾枯萎而死。
防治：注意環境衛生。發現后，用敵殺死或速滅殺丁防治。
4.蛞蝓：又叫粘粘蟲，形似剝去外殼的蝸牛，大小不等，長短不一，統體柔軟，爬過的地方留有粘液的痕跡。主要危害子實體。
防治：注意環境衛生，清除周圍的枯枝爛葉，保質干燥、干凈。在蛞蝓活動地方撒一些生石灰粉或白堿。人工撲殺。
5.菇蚊、菇蠅：體積小繁殖快，幼蟲喜潮濕，有趨光性，喜群居。
防治：注意環境衛生，加強通風，保持場地干燥。燈火誘殺。噴灑1000倍敵百蟲或敵殺死溶液殺滅。
