黑斑病是一種由假單孢菌引起的細菌性病害。發病后，金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大后直徑達2～4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。該病以危害菌蓋為主，患病的菌蓋再傳播到相鄰的子實體，嚴重時整個菌蓋變成黑色，有輕微的臭味。病重時金針菇失去食用價值。

預防金針菇黑斑病，最重要的是控制好適宜的溫度和濕度。對菇房灑水時，不可將水直接灑在金針菇子實體上，特別不可用冷水噴灑，否則會使菌蓋因吸水過多而誘發黑斑病的發生。菇房內的濕度不宜長時間超過90%，要看天氣變化灑水，晴天灑水要輕、勤、細，陰雨天要少灑或不灑水。每次灑水后先加強通風，然后覆蓋地膜。出菇期間室內氣溫應調至17℃以下。發病后要及時將病菇摘除，并噴灑每毫升含100～200單位的農用鏈霉素或漂白粉600倍液。