食用菌的栽培出現病蟲害則就無法拯救了，所以提前預防食用菌病蟲害的發生也就成了一大要點。
切斷病蟲害傳播途徑
食用菌栽培中病蟲害的來源途徑有三條：一是菌種帶蟲，帶病源;二是培養料和覆土帶蟲、帶病源;三是菇房(棚)內外自然傳播。切斷這三條傳播渠道是病蟲害綜合防治的重中之重。
環境控制，減少病蟲害發生
加強通風換氣：通風換氣是最好的空氣消毒方式，切勿造成悶濕的出菇環境，不通風有百害而無一利。3.光線調節。不同品種有不同的光照度要求。如雙孢菇應偏暗一些，而白靈菇則需要強一些。
農藝防治：不同的土壤有不同的微生物區系，不同的生態環境有不同的生物群落。實踐表明，土棚栽培一般頭年好，二年差，原因就是土棚的生態環境越來越差，也就是說病菌多了、蟲害多了、空氣質量也不好了。為此，必須改善生態條件，優化出菇環境，減少和降低病蟲害的發生。
化學防治：化學防治一般用于預防措施中，在出菇期間禁止使用藥劑防治，因為子實體的組織結構容易產生殘毒，影響食用和出口。因此，在出菇期間禁止使用藥劑防治，即使萬不得已使用，只能在出菇前噴施，而且最好使用植物制劑、苦堿素等。
針對食用菌的栽培特點，食用菌病蟲害的綜合防治是一種好的方法。
