2.生料和發酵料栽培的雜菌控制。生料和發酵料中自然存在著多種微生物。食用菌培養期間，污染能否發生主要取決于料的微生物區系中各種微生物之間的平衡狀態，這種平衡一旦被打破，污染就會發生。通常采取以下措施預防污染。
①提高培養料的ph值，在不明顯影響食用菌菌絲生長的前提下，抑制霉菌的生長。
②適當偏干，增加透氣性，促進食用菌菌絲生長，抑制霉菌生長。
③加大接種量，占取料中微生物種群優勢。
④料中適量加入多菌靈等殺真菌劑，抑制霉菌生長。
⑤創造利于食用菌生長的環境條件，如溫度、通風，促進食用菌生長來抑制雜菌的繁殖。
⑥科學合理發酵，制作只利于食用菌生長而不利于雜菌生長的選擇性基質，包括適于食用菌生長的理化性狀和微生物區系。
3.出菇期的雜菌控制。一般而言，出菇期不容易出現初次的雜菌侵染，除非環境條件過于不適，如高溫高濕或過度不潔。預防出菇期雜菌污染的有效途徑，一是防高溫高濕，保證通風充分，二是及時清理床面，清潔菇房，保持衛生狀態良好。
