食用菌最常見和危害較嚴重的雜菌主要有木霉、鏈孢霉、毛霉、曲霉、青霉、細菌等20多種。
　　木霉。木霉俗稱綠霉，幾乎能為害所有的食用菌，其對食用菌的為害表現為：（1）污染培養料與食用菌爭奪營養和空間；（2）分泌霉素殺傷、殺死寄主；（3）木霉菌絲接觸到寄主菌絲時將寄主菌絲纏繞切斷。防治：開展綜合防治工作。（1）培養室、栽培場所應保持低溫，空氣相對濕度控制在85%左右，并保持清潔衛生，通風良好；（2）一旦發生木霉為害，要立即通風降濕、菌筒感染初期，可采用2%醛溶液或30%-5%的石碳酸注射，抑制木霉的擴張。部分感染成熟的菌筒可挖除污染部位，在處理部位上撒施石灰粉或石硫合劑或波爾多液等，也可用多菌靈，施保功，甲基托布津等殺菌劑防治。如用50%多菌靈1000們拌料可預防木霉的發生，但不宜在猴頭、木耳、銀耳上使用多菌靈。
　　鏈孢霉。鏈孢霉俗稱紅粉病，紅面包霉病，為食用菌生產中常見雜菌，可污染所有的食用菌，是一種頑強、速生的氣生霉菌，培養料受污染后，還在料面迅速形成橙紅色或粉紅的霉層。防治：盡量避開悶熱，潮濕的夏季高溫期進行生產，注意搞好環境衛生。一旦出現桔紅色塊狀分生孢子團，用濕布或濕紙小心包好拿掉，浸入藥液中或深埋，切勿用噴霧器直接對病菌噴藥，以免孢子飛散；也可及時滴上適量的甲醛，煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉糜爛死亡。發菌后期受害，可將受害菌袋埋入深30-40厘米透氣差的土壤中，經10-20天缺氧處理后，能減輕病害可出菇。多菌靈、施保功等殺菌劑可控制鏈孢霉的生長。
　　曲霉與青霉。曲霉俗稱黃霉、綠霉、黑霉等。曲霉的種類很多。黑曲霉的菌落為黑色疏松的果粒狀；黃曲霉黃色、黃綠色，最后呈褐綠色；灰綠曲霉初白色后呈灰綠色；青霉，其種類多、菌落呈灰綠色、黃綠色或藍色粉狀霉層。曲霉、青霉均屬常見的雜菌，它們與食用菌爭奪營養、水分，并分泌霉素抑制食用菌生產。防治：加強培養室的通風、降低溫度，減少空氣相對濕度，可減輕危害，局部發生可用5%-10%的石灰水沖洗，其它防治方法可參考木霉防治。