金針菇只長菌柄不長菌蓋，俗名金針菇叢枝病，或針尖菇，這是一種非侵染性的生理病害。當栽培袋或菌瓶由菌絲生長轉到子實體形成階段時，出現菇蕾叢生，只長菌柄不形成菌蓋，菌柄伸長到一定長度時，頂端產生分枝，小分枝生長一定時間后又產生分枝，小分枝越長越細弱并下垂，形成一叢似披發狀的菌絲，完全不像正常生長的子實體菌柄向上生長，頂端膨大后形成菌蓋。其菌蓋停滯在原基發育時的幼小形態，其直徑約為1-2毫米。整叢菇體呈胡須狀，單個菇體短而尖細，無菌蓋，中下部稍粗一些，形似針頭。子實體生長受到嚴重抑制，幾乎無產量。
　　其發病的病因：
　　這是由于菇場通風不良，二氧化碳濃度過高，濕度過大、會抑制菌蓋的生長所致，此病害多見于環境空氣不流通的防空洞、地道等種植場所內。袋栽或瓶栽金針菇，當菌絲生長到一定階段轉向子實體形成時，即原基出現后，應保持適當通風和給予一定的光線刺激，并降低菇房濕度，這一階段如果在瓶口、袋口內外的二氧化碳氣體濃度積累過高，氧氣不足和缺乏弱光刺激，加上濕度過大，導致子實體畸形生長，只長菌柄不形成菌蓋，并在頂端不斷產生分枝。
　　防治方法：
　　出菇場所要具備良好的通風條件。瓶栽金針菇在子實體原基形成后，首先要進行3-5天的幼菇成形培養，然后再套袋長菇。套袋后每天要上下提動袋子換氣1-2次。 袋栽金針菇，在子實體生長前期，要立即加強通風，降低二氧化碳濃度。可把覆蓋物掀開，使菌袋內保持足夠的新鮮空氣，以促進菌蓋的分化和菌柄的增粗。待菌蓋發育正常后再按商品菇的栽培管理方法管理。一旦發現菇蕾生長不正常、菌柄頂端產生分叉并下垂時，要及時清除，重新創造有利于子實體形成的環境條件，仍可正常生長。