食用菌菌種退化是由于菌絲體的遺傳物質發生了變異而造成的。表現為菌種突然或逐漸喪失原有的生活力、豐產性能或部分子實體的形態改變。菌絲體生長緩慢，在培養基上出現濃密的白色扇形菌落，對環境條件如溫度、酸堿度、二氧化碳、氧氣、雜菌等抵抗力弱，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現象。
　　如何防止食用菌菌種退化呢？
　　1、保證菌種的純培養。不用被雜菌污染的菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合或近距離相連接培養。
　　2、嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力。
　　3、適當低溫保存菌種。低溫型菌種(如蘑菇、香菇等)在4℃，高溫型菌種(如草菇)在16℃下保存，有利于保存菌絲體的活力。
　　4、避免在單一培養基中多次傳代，沿著合理的代次、母種、原種、生產種不同類型的培養基，有利于提高菌種活力和保持優良性狀。
　　5、菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化。
　　6、菌種要定期進行復壯，在適宜的溫度、合適的酸堿度、充足的氧量、適當漫射光、無雜菌培養等條件下進行。
　　7、每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。