在黑木耳栽培的實踐過程中，導致黑木耳減產或絕收的三大病害有“紅眼病”“綠藻病”“流耳”。這三大病害發生期都在開口期至中耳期、成耳期發生。這幾種病害大都是栽培者技術不到位管理不規范所致。目前對于幾種病害防重于治。還沒有能根治的良藥。
　　紅眼病，癥狀：開口或打眼后5—10天左右，發現開口打眼處有紅褐色的粘液，自口溢出，有綠霉同時出現，大面積滋生。發病原因：①培養室內培養架設計不合理，間隔層太小，擺袋擁擠或上摞或通風有死角。袋與袋之間產生熱量得不到散發，致使菌袋內外出現溫差過大，袋內集聚大量的蒸汽水，使菌絲不透氣而死亡。還可能出現袋內頂部菌絲因高溫死亡出現袋口吐紅水。②有的打口后的菌袋歸堆，堆積過緊。還有的堆回培養室。因為菌袋打眼后，透氣好，菌絲發育旺盛，菌絲體要釋放出大量的熱量，稍不注意就容易造成高溫燒菌，菌絲體死亡，細胞組織破裂，營養泌出成為紅水。
　　綠藻病，癥狀：菌袋內表層有綠色的像青苔狀，嚴重時木耳子實體都生長。吸收菌袋營養，造成袋內積水嚴重導致爛袋現象發生。發病原因：①水源有污染，死水泡、魚塘、水源有藻類滋生。②裝袋過松，開口在褶皺處，澆水時長時間有積水，通過陽光直射產生綠藻。③澆水過重，導致袋內積水。綠藻病發生后，因為有袋皮包裹幾乎無藥可治。
　　流耳，癥狀：黑木耳中耳期、成耳期腐爛脫落。發病原因：①菌種老化，選擇優良抗逆性強的菌種。②培養料配比不當，麥麩、米糠等輔料添加過多，營養過盛，菌絲體老化快，子實體沒長成，菌絲體開始老化收縮，造成流耳。③高溫多雨澆水過重，袋內含水量偏高，因袋內菌絲體長成后，在酶的分解過程中營養物質的轉化，菌絲體的含水量不斷增高，袋內菌絲沒有充分干燥，導致菌絲透氣不良，遇到高溫時很容易使菌絲因缺氧而窒息死亡，出現爛耳。④通風不良、水源不清潔。地勢過洼，排水不暢。袋與袋之間過密，通風不良。水源污染造成子實體感染病變。⑤采收不及時，當耳片八分熟及時采收晾曬。
　　在黑木耳栽培過程中一定要做到合理管控，真所謂三分種七分管。一定要了解干長菌絲，濕長耳。干干濕濕，干濕交替。看天澆水，看耳定量的含義。做到以防為主，來提高黑木耳產量與質量。