金針菇干制儲藏是將鮮金針菇曬干或烘干至含水量在10-12%的一種儲藏方法。曬干的金針菇顏色較深，不耐久藏；烘干的金針菇色澤好，質量高，耐久藏，但成本高。　　
　　曬干是利用太陽光作為熱源進行干燥，將金針菇平鋪在向南傾斜的竹制曬簾上，相互不重疊，冬季需加大曬簾傾斜角度以增加陽光的照射。鮮菇攤曬時應輕翻輕動，以防破損，一般需2-3天才能曬干。曬干后裝入塑料袋中，迅速密封后即可儲藏。最好是曬至半干再進行人工烘烤，具體情況應根據天氣狀況、光照強度、菇體水分含量等恰當掌握，否則，菇體會扭曲、變形、變色。　　
　　烘干可采用烘箱、烘籠、烘房，或用炭火熱風、電熱以及紅外線等熱源進行烘烤，使菇體脫水干燥。此法干制速度快，質量好，適用于大規模加工產品。溫度保持在60-65℃，控制溫度上下波動不要大于7℃。如采用烘房烘干時，應隔5-6小時打開進出氣孔通風排濕，烘干后裝袋儲藏。我國現在大量使用的有直線升溫式烘房，回火升溫式烘房以及熱風脫水烘干機、蒸汽脫水烘干機、紅外線脫水烘干機等烘干設備。