食用菌的蟲害主要有菇蚊、菇蠅、跳蟲、螨類及線蟲等，其綜合防治措施如下。
保持菇場清潔：菇房在栽培前要徹底清掃干凈，并用800倍的敵百蟲或敵敵畏溶液均勻噴一遍。室外種菇，要清除栽培場地周圍的雜草，并用250倍的敵百蟲溶液噴灑土壤和場地周圍。
防成蟲入室：室內栽培食用菌，要將門窗、通風孔等用60目的細紗網釘上，防止菇蠅、菇蚊等成蟲入室危害。
誘殺成蟲：菇蠅、菇蚊等成蟲具有趨光性，可設置黑光燈或日光燈，在燈周圍掛上黏板或燈下放置敵敵畏溶液藥盆，讓成蟲觸藥中毒。
藥物熏殺：室內栽培食用菌，在密閉的條件下，每立方米空間用2～3片磷化鋁熏蒸，以消滅室內蟲源。
處理培養料：每50公斤培養料用三氯殺螨醇15毫升，對水10公斤，均勻噴灑在料上，邊噴藥邊拌料，噴后堆積3天，既可消滅料中蟲源，或可在培養料中拌入40%的辛硫磷500倍液或2.5%的敵殺死1000倍液，均有很好的殺蟲效果。
噴藥殺蟲：在出菇前發現有害蟲時，可向床面噴灑500倍的敵百蟲溶液或1000倍的敵殺死溶液或800倍的敵敵畏溶液滅蟲。
