褐腐病：染病老菇棚重新使用前，掀去上覆物，鏟除一層墻皮后，堆上秸稈點火焚燒，然后再重新扣棚，每100平方米菇棚使用50％的多菌靈純粉1千克、36％的甲醛2-4千克，對水80千克左右，均勻噴灑，悶棚2天以后啟用。發病菇棚要清除病菇，清理料面，采取晝蓋夜開方式使棚溫降低。刮除料面0.2-0.3厘米，地毯式噴灑100倍的蘑菇祛病王溶液。預防性措施，可在菌袋進棚后或播種后，噴灑150倍蘑菇祛病王溶液，出菇前再加強一次，發病初期可連續噴灑兩遍。常規藥物主要使用單倍波爾多液，或者噴施500倍代森鋅溶液，但要慎重使用。
褐斑病：菇棚的處理可參考褐腐病。雙孢菇生產提倡二次發酵技術；對覆土材料應進行常規殺菌處理；菌袋進棚后或雞腿菇、雙孢菇覆土后，地毯式噴灑一遍150倍蘑菇祛病王；發病初期，連續噴灑100倍蘑菇祛病王2次以上；危害比較嚴重時清理所有病菇，停止用水，通風干燥，將病菇于坑內焚燒，繼之清理料面并涂刷5％甲醛或2％蘑菇祛病王；對所有可能帶菌的工具、材料等均使用600倍多菌靈溶液洗刷；同時對害蟲進行一次徹底殺滅處理。
著色病：該病癥不是由病原菌所致，應根據生產的具體情況，找出致病原因后，＂對癥下藥＂解決，千萬不要盲目使用化學藥物。
黃斑病：加強通風，使棚內二氧化碳濃度降至0.5％以下；棚內濕度控制在85％左右；發病初期，使用100倍蘑菇祛病王溶液噴灑2次；發病中期以后，摘除病菇，結合清理料面并打掃衛生，兌制60-100倍蘑菇祛病王溶液噴灑2-4次，或噴灑100倍漂白粉溶液。注意，噴藥后封棚1-2小時，然后應加強通風，降低棚內濕度。
軟腐病：菇棚處理可參考前述。改善菇棚通風條件，尤其在人工噴水后；將基料pH值調至7左右，對耐堿品種可調至9左右；發病初期，噴施100倍蘑菇祛病王；發病較重時，在病區撒施少量石灰粉覆蓋；大面積發生危害時，將病菇摘除并清理料面及覆土材料，噴灑100倍蘑菇祛病王后，更換新處理過的覆土材料，然后再噴施150倍蘑菇祛病王溶液。
銹斑病：菇棚啟用前應徹底進行消毒處理；覆土處理采用多甲溶液噴灑；采用發酵料栽培時，基料應腐熟均勻；初期發病，噴灑150倍蘑菇祛病王溶液，亦可噴灑1000倍漂白粉溶液或400倍鏈霉素溶液；發病較重時，清除病菇，清理料面，兌制150倍蘑菇祛病王溶液連續噴灑2次以上；日常管理時，應保持空氣濕度在85％左右，并堅持科學通風，尤其在噴水后，使菌蓋表面水分在1小時內蒸發掉。
