食用菌菌種的衰退是一種常見的現象，采用合適的保藏方法、盡量減少菌種的傳代次數，是防止菌種衰退的有效措施之一。菌種保藏原理是使其新陳代謝作用降低，保藏的方法很多，現主要介紹兩種，供全市菇農參考。
一是斜面低溫保藏法：這是一種最簡單的保藏法，即將生長旺盛無污染的斜面試管放入冰箱內，在4—6℃的低溫下保藏，以后每隔2—3個月移接于新鮮的斜面培養基上，培養后再繼續保藏（以補充菌絲的養分和水分，防止菌絲老化）。
二是液體石蠟保藏法：此法是在要保藏的斜面試管內，在無菌室內注射滅過菌的液體石蠟，注入蠟以高出斜面1厘米為宜。其目的是使菌種與空氣隔絕，降低其新陳代謝活動。然后塞以木塞或橡膠(18250,140.00,0.77%)塞，用蠟封口后，直立放入室內干燥處，一直可保存一年以上。使用
時只要用接種針從斜面上少量挑取菌絲，移植在新鮮的斜面培養基上，由于菌絲沾有石蠟，必須再轉接一次試管才能很好生長。
