1、主要害蟲：危害黑木耳的害蟲主要有薊馬、蛞蝓、線蟲，白蟻、偽步行蟲、癭蚊等，除白蟻主要為害耳木啃食菌絲外，其余大部分害蟲主要啃食耳片，同時被害殘破的耳片遇陰雨時，耳片膠質分解流化更易引起細菌、霉菌的侵染使流耳更嚴重。白蟻在危害嚴重時找出蟻道并噴入白蟻粉防治，其它大部分害蟲可在幼蟲大量危害時噴藥殺滅。1000倍的敵敵畏、樂果可殺滅薊馬、偽步行蟲、線蟲、癭蚊等；蛞蝓可用400倍五氯酚鈉液噴灑地面；偽步行蟲（魚兒蟲）還能啃食干耳片，所以貯存木耳最后要曝曬或烘烤后入庫。同時還要注意清除耳場枯枝葉及腐木等，減少蟲害來源。
2、主要雜菌：危害黑木耳的主要雜菌有碳團菌、韌革菌、裂褶菌、云芝、朱紅栓菌、木霉等，這些雜菌主要危害耳木，生活力很強，造成耳木粉狀腐朽或黑色鐵心（如碳團菌），抑制了黑木耳菌絲的生長，造成木耳減產。主要防治方法是注意耳場及周圍環境，燒除枯枝、落葉及腐木，減少污染源，還需盡量早點種，加強管理，促使黑木耳菌絲早定植，生長快，盡早發滿耳木能有效減少雜菌侵染。其次是低海拔地區氣溫高，夏季耳木要嚴防曝曬，以花花太陽的林蔭地為宜，這樣可大大減少裂褶菌、韌革菌、朱紅栓菌等的發生。當耳木有雜菌浸染時，要盡量早刮除后涂以鮮石灰漿或涂刷漂白粉消毒。危害嚴重的耳木盡早清除燒掉。
