食用菌的獨特生產(chǎn)方式和不同于高等植物的子實體組織結構，要求生產(chǎn)者不能在子實體生長階段噴灑化學藥劑，必須把“防”放在第一位。采取“預防為主、綜合防治”的方針，減少化學農(nóng)藥的使用，提高產(chǎn)品質(zhì)量安全水平，采取綜合防治措施控制病蟲危害。針對食用菌的栽培特點，其病蟲害綜合防治措施主要有：
切斷病蟲害傳播途徑。食用菌栽培中病蟲害的來源途徑有三條：一是菌種帶蟲，帶病源；二是培養(yǎng)料和覆土帶蟲、帶病源；三是菇房（棚）內(nèi)外自然傳播。切斷這三條傳播渠道是病蟲害綜合防治的重中之重。
環(huán)境控制，減少病蟲害發(fā)生。1.降低料溫：如雙孢菇發(fā)菌料溫控制在21℃以下，可有效防治胡桃肉狀菌；金針菇發(fā)菌溫度控制在20℃以下；平菇菌袋在20℃以下可以防止菌袋污染。2.加強通風換氣。通風換氣是最好的空氣消毒方式，切勿造成悶濕的出菇環(huán)境，不通風有百害而無一利。3.光線調(diào)節(jié)。不同品種有不同的光照度要求。如雙孢菇應偏暗一些，而白靈菇則需要強一些。
農(nóng)藝防治措施。不同的土壤有不同的微生物區(qū)系，不同的生態(tài)環(huán)境有不同的生物群落。實踐表明，土棚栽培一般頭年好，二年差，原因就是土棚的生態(tài)環(huán)境越來越差，也就是說病菌多了、蟲害多了、空氣質(zhì)量也不好了。為此，必須改善生態(tài)條件，優(yōu)化出菇環(huán)境，減少和降低病蟲害的發(fā)生。
化學防治。化學防治一般用于預防措施，在出菇期間禁止使用藥劑防治，因為子實體的組織結構容易產(chǎn)生殘毒，影響食用和出口。因此，在出菇期間禁止使用藥劑防治，即使萬不得已使用，只能在出菇前噴施，而且最好使用植物制劑、苦堿素等。
