一是采收關：
天麻分春、冬兩季采挖，其中在冬季采挖天麻的同時，將新鮮、無病蟲害、無損傷的小天麻挑出，經1～2天晾去部分水分，再集中貯藏備來年作種用。
二是溫度關：
將晾去部分水分的天麻種按層次擺放于磚池塘、大瓦盆或木箱內。每層次之間用濕潤砂土蓋沒，先用黃砂鋪底，上面每鋪一層天麻，就蓋一層砂土。貯藏溫度應控制在2～5℃之間，以免溫度變化過大而造成天麻種爛壞。
三是濕度關：
貯藏期間應經常檢查，如發現麻種起斑或霉變，應及時降低砂土含水量，并將爛麻挑出。如發現麻種有萎縮、皺縮現象，應將砂土拌點熱水。
