蘑菇栽培已越來越廣泛，蘑菇病蟲害綜合防治是確保蘑菇優質高產的關鍵，它能有效地將蘑菇病蟲害控制在最低水平，能以最小的投入獲取最好收益。
　　蘑菇栽培中若菌種帶有病蟲害，培養料沒有發酵徹底或覆土消毒不嚴，會將病菌及蟲卵帶入菇床；菇房墻壁、地面、床架及空氣中存在有大量病菌孢子通過自然傳播都會使蘑菇發生病害蟲。
　　蘑菇病蟲害綜合防治貫徹的原則是“預防為主，綜合防治”，要做到“消滅傳染源，切斷傳播途徑，控制發病條件，治療發病區”具體的綜合防治措施如下：
　　1、把好菌種質量關。選用高產、優質、抗病蟲害能力強，抗逆性強的菌株。若隨意引種沒經過審定的菌株，就會有傳播病蟲害的危險，特別是傳播蘑菇病毒病的危險。用于栽培的磨菇菌種一般應由專業菌種廠生產供應，如省地、縣各級蘑菇菌種站等，這樣可確保使用優質菌種，優勢菌種一般應具備菌齡適宜，生活力強，不帶病蟲害等特征，外觀色澤潔白，打開菌種瓶，可聞到蘑菇香味，凡是菌齡過長，菌絲萎縮，吐黃水，色澤暗淡，或菌絲嚴重徒長，以及有綠色黑色或桔紅色等雜菌孢子的菌種都是不合格的菌種，不可采用。
　　受螨類危害的菌種其特征是瓶肩部分的菌絲萎縮，菌絲非常暗淡，甚至培養料面也看不到菌絲。瓶壁微熱后會發現有許多螨類爬動，這樣的菌種也要淘汰。
　　2、做好培養料的發酵及覆土消毒工作。
　　培養料用的稻草要求新鮮、干燥、無霉變，糞肥要經烈日暴曬，以減少病蟲害；培養料常采用前、后兩次發酵，發酵前培養料成分配比要適當，酸堿度及含水量適宜，經過充分發酵既可殺死糞草中的病蟲和雜菌，又可制成優質培養料，使蘑菇菌絲易定植生長，使蘑菇菌蝗體生長健壯，增強自身的抗病蟲雜菌能力。
　　覆土也是傳播病蟲害的主要媒介，消毒覆土是預防許多病蟲害的關鍵措施。覆土材料一般應取距地表15厘米以下的土，這樣可減少或避免將土中病蟲害帶入菇房，覆土采集后在烈日下暴曬至干燥狀態，使用前用10%的石灰水均勻調水，再用10%甲醛加1%敵敵畏噴到覆土中，用薄膜覆蓋好，進行熏蒸滅菌殺蟲二天，用時再攤開晾1～2天，待甲醛揮發后使用。
　　3、做好菇房的清潔衛生工作，菇房位置應遠離垃圾場，豬牛棚等病蟲較多的場所。菇房在使用前除了做好常規清潔衛生外，應進行一次全面消毒殺蟲工作：①栽培床架噴一次波爾多液或漂白粉液；②菇房的墻壁、地面、床架及周圍空間用千分之一多菌靈加0.5%敵敵畏噴霧；③整個菇房用甲醛按每立方米10毫升甲醛，2克高錳酸鉀的量或每立方米2～4克氣霧消毒盒的量密閉熏蒸12小時，另外，菇房的門窗最好裝上紗門、紗窗，以防害蟲飛入。
　　4、做好蘑菇栽培的管理工作。①根據各地的氣候條件適時播種；②做好菇房保溫工作，以避免高溫和凍害；③加強菇房水分管理。根據栽培情況，使菇房保持一定溫度；④注意菇房通風透氣；⑤蘑菇在栽培過程中要經常檢查床面，發現有病蟲出現或有異常氣味要及時處理；如空氣不流通的潮濕覆土易產生褐色石膏霉，干的培養料表面易產生黃霉菌，培養料中氨氣含量高易產生白色石膏霉、糞污鬼傘、橄欖綠霉、黃霉菌，培養料溫度低易產生腐質霉；黃霉菌；⑥菇房一定要保持清潔，摘除的病菇及污染的培養料要及時處理，不宜久留。
　　5、采用適當的化學防治措施。①在菇床覆土后，土地及周圍空間噴千分之一甲醛水溶液或多菌靈液可有效防治多種病害發生。②每隔一月在菇房噴一次千分之一甲醛水溶液或多菌靈液。③發現病蟲需要用藥時，對不同的病蟲害，選擇使用合適的農藥、用藥量及用藥時間，以避免防治無效，或發生藥害或造成蘑菇污染或人畜中毒等不良后果。④發現鼠害及時藥除或捕捉。