草菇是目前普遍栽培的一個高溫品種，也是在食用菌里規模栽培要求溫度最高、生長周期最短的品種。但在生產中常出現菌絲萎縮現象，嚴重影響其產量和品質。可采取如下措施防治：
　　一、選用優質菌種 菌齡過長或過短、菌種退化、菌絲生活力弱、抗逆性差，或菌種長時間在溫度過低、過高的環境中存放，都會出現播種后不萌發、菌種塊菌絲萎縮的現象。因此，在生產中要選用適齡、優質菌種，并確保培養過程中溫度不要過低。
　　二、控制好培養料溫度 當氣溫較高、培養料偏厚、菇房保溫性能較好時，播種后培養料內溫度較長時間超過42℃，會導致菌絲萎縮、死亡或造成燒菌。當溫度偏低或晝夜溫差過大時，也會引起菌絲生長緩慢或萎縮。一般在菌絲生長期，料溫不能長時間低于30℃；低于28℃雖然菌絲會生長，但產量不高，甚至不出菇。據此，在播種后要密切注意菇房內溫度及料溫。溫度過高，要通風換氣降溫，也可空間噴霧、地下倒水；溫度低時要及時保溫和加溫。
　　三、控制好培養料水分 栽培草菇因培養料偏干而引起菌絲生長不正常的情況較少，但含水量過高，超過75％，或薄膜覆蓋過嚴，培養料不透氣，加上菇房通風條件不好，菌絲會因缺氧等萎縮或自溶。因此，在處理培養料時應掌握寧干勿濕的原則，待噴“出菇水”時再適當增加水量。
　　四、調水要適當 調水時，水溫過低、水流過猛、水量過大，菇蕾太小、通風不及時，都會引起菌絲萎縮或死亡。所以，在調水時水溫必須在5℃以上；若料溫偏低，水溫最好在30℃以上。
　　五、預防雜菌和蟲害 競爭性雜菌與草菇菌絲爭奪營養。害蟲，如線蟲、螨、菇蠅幼蟲蠶食菌絲，并引起雜菌、病毒感染，從而導致菌絲萎縮或死亡。為此，要切實搞好以下幾項：二次發酵要徹底，要及時殺滅菇房內雜菌和蟲害；應選用優良菌種，并保持菇房周圍環境衛生。
　　六、謹防藥害 播種后，如果使用藥物不當、濃度過大、使用量過大等，或噴水容器裝過農藥未清洗干凈，或在料中添加過量的尿素而產生重氨料等都會導致藥害，造成菌絲萎縮或死亡。因此，在使用藥物前，一定要對癥下藥，并仔細閱讀使用說明。噴水的容器必須與噴農藥的容器分開使用，以免引起中毒。